Это не только проблема с php. Вам нужно сделать таблицу базы данных, как это:
messageID
contents
...
popuped
userID
Затем сделать страницу кто получает количество сообщений, которые не popuped уже:
SELECT COUNT(*) AS nr FROM messages WHERE userID = :userID AND popuped = 0
И после этого набора popuped 1:
UPDATE messages SET popuped = 1 WHERE userID = :userID
И напечатайте поле nr.
Затем для каждой страницы вашего сайта вам необходимо сделать запланированный запрос ajax (например, каждые 20 секунд), который загружает эту страницу. Если результат выше нуля, вам нужно показать, что у пользователя есть сообщения.
Для АЯКСА запроса посмотрите, например, на MooTools яваскрипта рамки (или JQuery, Prototype и т.д.)