Установка rjags в R на OSX Mavericks

Я пытаюсь установить пакет «rjags» в R, но я бегу в следующее сообщение об ошибке:Установка rjags в R на OSX Mavericks

Loading required package: rjags 

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rjags', details: 
    call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 
    error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rjags/libs/rjags.so': 
    dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rjags/libs/rjags.so, 10): Symbol not found: __ZN5RangeC1ERKSt6vectorIiSaIiEES4_ 
    Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rjags/libs/rjags.so 
    Expected in: /usr/local/lib/libjags.3.dylib 
in /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rjags/libs/rjags.so 
Error: package ‘rjags’ could not be loaded

Я установил JAGS на моем Mac (бег Mavericks), и я запускаю R-3.1.2. Я попытался установить с URL, используя devtools пакет, в соответствии с рекомендациями этой site:

install_url("http://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/rjags/3/rjags_3-2.tar.gz", 
         args="--configure-args='--with-jags-include=/Users/casallas/homebrew/opt/jags/include/JAGS   
               --with-jags-lib=/Users/casallas/homebrew/opt/jags/lib' 
          " 
        )

Я также прошел через инструкцию по этим other site, пробуя различные версии зазубрин и получить ту же ошибку. Я не понимаю, что попробовать дальше, и я уверен, что решение прост. У кого-нибудь есть идеи? Спасибо!

источник

2015-02-10 Archimeow

Проверьте, если проблема не имеет ничего общего с RStudio или нет, то есть, открыть свой R графический интерфейс и попытаться установить. Если он там не работает (возможно, это так), то вы знаете, что проблема - это просто проблема R, а не проблема RStudio (и мы можем удалить теги rstudio и ссылки из вашего вопроса). – Gregor

Я запускаю JAGS 3.4.0 – Archimeow

@JMeo Я смог получить CRAN-версию 'rjags' (3.4.0), работающую после загрузки библиотеки - http://downloads.sourceforge.net/project/mcmc-jags/ JAGS/3.х/Mac% 20оС% 20X/Jags-Индивидуалисты-3.4.0.dmg? г = HTTP% 3A% 2F% 2Fsourceforge.net% 2Fprojects% 2Fmcmc-зазубрины% 2Ffiles% 2FJAGS% 2F3.x% 2FMac% 2520OS% 2520X% 2F & ts = 1423539048 & use_mirror = softlayer-dal - и затем выполните 'install.packages (" rjags ")'. Вы можете попробовать запустить RStudio через 'open -a RStudio', если вы все еще сталкиваетесь с проблемами. – hrbrmstr

Я обнаружил, что, хотя мне не удалось установить rjags с URL-адреса, если я установил пакет из исходного кода на свой компьютер, я был успешным. Я сделал это, загрузив соответствующий пакет из here (который для меня был rjags_3-14.tgz) и побежал следующую команду:

install.packages(path_to_file, repos = NULL, type="source")

источник

2015-02-11 00:09:32 Archimeow

Ошибка:

Symbol not found: __ZN5RangeC1ERKSt6vectorIiSaIiEES4_

ли (почти) всегда вызывали путем несоответствия между стандартными библиотеками между строкой Mavericks R (на самом деле rjags) и Snow Leopard build JAGS (или наоборот). Для получения дополнительной информации см. Инструкции по адресу https://sourceforge.net/projects/mcmc-jags/files/JAGS/3.x/Mac%20OS%20X/

Я предполагаю, что скомпилировать пакет из исходного файла, потому что он соответствует версии стандартной библиотеки, используемой JAGS, но это больше не будет соответствовать версии, используемой R (хотя я не уверен, что это серьезная проблема, это не рекомендуется). Вам лучше сопоставить сборки R и JAGS и использовать предварительно созданную библиотеку rjags из CRAN.

Интересно, что вы говорите, вы пробовали и сборки зазубрин, но я предлагаю снова пытаюсь по этим линиям:

1) Использование .Platform $ pkgType в R, чтобы подтвердить, если вы используете mac.binary (SL) или mac.binary.mavericks (Индивидуалисты) - или если это невозможно повторно установить Индивидуалист двоичного R от CRAN

2) Выход R

3) повторно установить соответствующую версию Зубцы

4) Снова открыть R и переустановить rjags librar у от CRAN

5) Попробуйте библиотеку (rjags)

Если это не работает, вы можете предоставить больше информации, так что я могу попытаться отследить возможные проблемы с зазубринами строит?

Спасибо,

Matt

источник

2015-02-11 07:42:26

Установка rjags в R на OSX Mavericks

ответ

Смежные вопросы