Ошибка сегментации при распределении второго массива

Question

Я ухожу. Это самая неприятная вещь, которую я когда-либо делал. Даже нединамический массив int вызывает segfault. Но если я объявляю его как массив float/char, он работает нормально.

---

Update: Если я удалить строку MPI_Scatter(A[0], N, MPI_INT, A_row, N, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD); она отлично работает. Проблема в том, что мне это нужно ...

---

Я работаю над программой, но у меня есть странная проблема.

Следующий код работает отлично (если предположить, что N кратно р):

#include <stdio.h> 
#include <stdlib.h> 
#include "mpi.h" 


void main(int argc, char** argv) 
{ 
    int my_rank, p, N, **A, *diagonals, *A_row; 
    MPI_Status status; 

    MPI_Init(&argc, &argv); 
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &my_rank); 
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &p); 

    if (my_rank == 0) { 

     N = 4; 
     int *mem = malloc(N * N * sizeof(int)); 
     A = malloc(N * sizeof(int*)); 
     for(int i = 0; i < N; i++) 
      A[i] = mem + N*i;  

    } 
    MPI_Bcast(&N, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD); 

    A_row = malloc (N * sizeof(int)); 

    MPI_Scatter(A[0], N, MPI_INT, A_row, N, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD); 

    MPI_Finalize(); 
} 

Однако мне нужно выделить еще один массив (диагоналей), как это:

#include <stdio.h> 
#include <stdlib.h> 
#include "mpi.h" 


void main(int argc, char** argv) 
{ 
    int my_rank, p, N, **A, *diagonals, *A_row; 
    MPI_Status status; 

    MPI_Init(&argc, &argv); 
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &my_rank); 
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &p); 

    if (my_rank == 0) { 

     N = 4; 
     int *mem = malloc(N * N * sizeof(int)); 
     A = malloc(N * sizeof(int*)); 
     for(int i = 0; i < N; i++) 
      A[i] = mem + N*i; 

     diagonals = malloc (N * sizeof(int));  
    } 
    MPI_Bcast(&N, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD); 

    A_row = malloc (N * sizeof(int)); 

    MPI_Scatter(A[0], N, MPI_INT, A_row, N, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD); 

    MPI_Finalize(); 
} 

Я получаю эту ошибку сегментации (если это помогает на всех):

[teo-VirtualBox:02582] *** Process received signal *** 
[teo-VirtualBox:02582] Signal: Segmentation fault (11) 
[teo-VirtualBox:02582] Signal code: Address not mapped (1) 
[teo-VirtualBox:02582] Failing at address: 0x1 
[teo-VirtualBox:02582] [ 0] /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x113d0)[0x7faecc8d23d0] 
[teo-VirtualBox:02582] [ 1] a[0x400c85] 
[teo-VirtualBox:02582] [ 2] /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf0)[0x7faecc511830] 
[teo-VirtualBox:02582] [ 3] a[0x4009a9] 
[teo-VirtualBox:02582] *** End of error message *** 

Я пропустил что-то очевидное?

Кстати, я не использую free() или ничего не делаю, потому что это не полный код. Это просто файл, который я создал для тестирования.

Answer 1

Честно говоря, я не могу воспроизвести:

linux21:/home/users/grad1459/Desktop/parallel>mpiexec -np 4 a.out 
linux21:/home/users/grad1459/Desktop/parallel>mpicc -Wall -std=c99 main.c 
main.c: In function ‘main’: 
main.c:9:15: warning: unused variable ‘status’ [-Wunused-variable] 
main.c:8:29: warning: variable ‘diagonals’ set but not used [-Wunused-but-set-variable] 
linux21:/home/users/grad1459/Desktop/parallel>mpiexec -np 4 a.out 
ALL OK 
ALL OK 
ALL OK 
ALL OK 
linux21:/home/users/grad1459/Desktop/parallel> 

с очень похожим кодом на ваш:

#include <stdio.h> 
#include <stdlib.h> 
#include "mpi.h" 


int main(int argc, char** argv) 
{ 
    int my_rank, p, N, **A, *diagonals, *A_row; 
    MPI_Status status; 

    MPI_Init(&argc, &argv); 
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &my_rank); 
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &p); 

    if (my_rank == 0) { 

     N = 4; 
     int *mem = malloc(N * N * sizeof(int)); 
     A = malloc(N * sizeof(int*)); 
     for(int i = 0; i < N; i++) 
      A[i] = mem + N*i; 

     diagonals = malloc (N * sizeof(int)); 
    } 
    MPI_Bcast(&N, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD); 

    A_row = malloc (N * sizeof(int)); 

    MPI_Scatter(A[0], N, MPI_INT, A_row, N, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD); 

    MPI_Finalize(); 
    printf("ALL OK\n"); 
    return 0; 
} 

В результате, я думаю, что ваш VirtualBox имеет некоторые ограничения памяти и ваш malloc() терпит неудачу , проверьте его возвращаемое значение, чтобы убедиться, что это не NULL, вот так: How detect malloc failure?

Это моя версия:

linux21:/home/users/grad1459/Desktop/parallel>mpiexec --version 
HYDRA build details: 
    Version:         3.1.3 
    Release Date:       Wed Oct 8 09:37:19 CDT 2014 
    CC:        gcc  
    CXX:        g++  
    F77:        gfortran 
    F90:        gfortran 
    Configure options:      '--disable-option-checking' '--prefix=/usr/local/mpich3' '--cache-file=/dev/null' '--srcdir=.' 'CC=gcc' 'CFLAGS= -O2' 'LDFLAGS= ' 'LIBS=-lpthread ' 'CPPFLAGS= -I/usr/local/USB/mpich-3.1.3/src/mpl/include -I/usr/local/USB/mpich-3.1.3/src/mpl/include -I/usr/local/USB/mpich-3.1.3/src/openpa/src -I/usr/local/USB/mpich-3.1.3/src/openpa/src -D_REENTRANT -I/usr/local/USB/mpich-3.1.3/src/mpi/romio/include' 
    Process Manager:       pmi 
    Launchers available:      ssh rsh fork slurm ll lsf sge manual persist 
    Topology libraries available:   hwloc 
    Resource management kernels available: user slurm ll lsf sge pbs cobalt 
    Checkpointing libraries available:  
    Demux engines available:     poll select 

---

Может быть, проблема в том, что вы не free() свою память? Вы попробовали это?

В общем случае при использовании mpi попробуйте выделить двумерный динамический массив в смежных ячейках памяти (чтобы MPI мог свободно использовать свой шаг и т. Д.). В общем, вы можете сделать это с помощью следующих функций:

int** allocate2D(int** A, const int N, const int M) { 
    int i; 
    int *t0; 

    A = malloc(M * sizeof (int*)); /* Allocating pointers */ 
    t0 = malloc(N * M * sizeof (int)); /* Allocating data */ 
    for (i = 0; i < M; i++) 
     A[i] = t0 + i * (N); 

    return A; 
} 

void free2Darray(int** p, const int N) { 
    free(p[0]); 
    free(p); 
} 

как я объясняю в 2D dynamic array in continuous memory locations (C) .

---

Unrelated к вашей ошибке во время выполнения: Why do we need to use `int main` and not `void main` in C++?