Чтение файла SD и извлечение информации обо всех фрагментах

Question

У меня есть файл SD для чтения. Я не мог загрузить весь файл. поэтому я сделал снимок на изображении ниже.

Это файл SD (файл структурных данных), который объясняет структуру молекулы. 803 и AMH - две молекулы. Кроме того, внутри одной молекулы имеется несколько фрагментов. Каждый фрагмент разделяется знаком четыре доллара ($$$$). Я новичок в Perl, поскольку я являюсь студентом биомедицинских исследований. Тем не менее, я написал сценарий, который обнаруживает появление $$$$, а затем появление кода молекулы (здесь 803) в строке рядом с ним.

{ 
    open (FILE, '<', "try_803.txt");  
    my $ligandcode="803";  
    while (<FILE>) { 
     my $nextline = <FILE>;  
     if ($_=~/\x24\x24\x24\x24/ && $nextline=~/$ligandcode/){  
      # do something 
     }  
    }  
} 

Этот код проверяет очень первое вхождение $$$$ с последующим 803. Но, я хочу, чтобы в дальнейшем перейти к следующему вхождению $$$$ с последующим 803. Я не знаю, сколько будет происходить этот шаблон. технически я не могу указать отсутствие фрагмента перед рукой. Можете ли вы помочь мне улучшить этот код и найти решение проблемы. Я буду благодарен.

Answer 1

Вы можете установить входной разделитель четырех DOLAR знаков, символ новой строки и 803.

local $/ = '$$$$' . "\n803"; 

Затем, вы можете прочитать целые молекулы в цикле:

while (<FILE>) { 
    my $molecule = $_; 
}