Loop или Vectorize this function for Phylogenetic Tree Clade Dropping

Question

У меня есть процесс, который я хотел бы повторить известное количество раз, но с уловкой. Первая итерация должна быть с исходным набором данных, затем следующая должна быть с результатом первого, следующего с результатом второго, ...

Некоторые фон: набор данных имеет тип phylo , поэтому функция append внутри цикла for не имеет для меня смысла. Ниже приведена фактический код:

library(ape) 
library(geiger) 

clade.dropper <- function(phy, drop.tips) { 
new.phy <- drop.tip(phy, tips(phy, drop.tips[1])) 
new.phy <- drop.tip(new.phy, tips(new.phy, drop.tips[2])) 
new.phy <- drop.tip(new.phy, tips(new.phy, drop.tips[3])) 
new.phy <- drop.tip(new.phy, tips(new.phy, drop.tips[4])) 
new.phy <- drop.tip(new.phy, tips(new.phy, drop.tips[5])) 
new.phy 
} 

Я хотел бы быть в состоянии предотвратить жесткое кодирование выше, и каким-то образом, цикл его для данного списка, содержащих имена кончика филогенетического дерева падать.

Спасибо!

Answer 1

Есть несколько проблем с вашим Подход - узлы деревьев перерисовываются каждый раз, когда вы его подмножаете - если вы подмножество по номерам узлов, каждый раз, когда вы удаляете узел, на следующей обрезке ваш следующий узел может быть не таким, каким вы хотели (я сделал эту мучительную ошибку раньше).

Если вы подмножество по именам, вы можете быть в порядке, но большинство деревьев не будут иметь имена узлов.

Мы можем сделать список всех советов, которые вы хотите удалить сразу, а затем обрезать все сразу.

Использование geiger и ape:

library(geiger) 
library(ape) 

первый груз дерево:

geo <- get(data(geospiza)) 

функция подсказки разве правильно векторизации, давайте поправим:

vtips <- Vectorize(tips, "node") 

Теперь мы можем упасть их всех сразу:

todrop <- c(18,20) 
drop.tip(geo$phy, unlist(vtips(geo$phy, todrop))) 

Для примера:

drop.tip(phy, unlist(vtips(phy, cladenum))) 

Answer 2

Ну, я не совсем знаком со всем этим материалом филогении, но считаю, что Reduce() - это то, что вы ищете. Демонстрация на простом вектор, например:

A <- c(1,2,3,4,5); 
Reduce(function(current,operand) current+operand,rep(1,6),A); 
## [1] 7 8 9 10 11 

А вот как это будет работать на филогенетических данных, кража из примера кода на странице справки ?phylo.clades:

library(ape); 
library(geiger); 
sal <- get(data(caudata)); 
tax <- cbind(sal$tax[,c('subfamily','family','suborder')],order='Caudata'); 
tphy <- phylo.lookup(tax,ncores=2); 
clade.num <- 1:5; 
Reduce(function(phy,clade.num) drop.tip(phy,tips(phy,clade.num)),clade.num,tphy); 
## 
## Phylogenetic tree with 613 tips and 19 internal nodes. 
## 
## Tip labels: 
## Batrachoseps_attenuatus, Batrachoseps_diabolicus, Batrachoseps_gavilanensis, Batrachoseps_incognitus, Batrachoseps_luciae, Batrachoseps_major, ... 
## Node labels: 
## Caudata, Salamandroidea, Plethodontidae, Bolitoglossinae, Plethodontinae, Spelerpinae, ... 
## 
## Unrooted; no branch lengths.