Нет, невозможно зарегистрировать внешние ресурсы для OpsWorks с CloudFormation (например, ранее существовавшие экземпляры EC2, кластеры RDS, кластеры ECS).
Для этого вы либо разговариваете непосредственно с api-программой OpsWorks через aws-sdk или aws-cli.
Если у вас нет особых причин для этого, я бы сказал, что создание экземпляров непосредственно с AWS :: OpsWorks :: Экземпляром является лучший способ.
С другой стороны, если вам нужно сделать конкретные вещи, к примеру вы можете не из OpsWorks (например, с помощью специального Elastic IP), то вы можете использовать облако иниц иметь использование экземпляра AWS-кли зарегистрировать сам в ранее существовавший стек и слой OpsWorks. В этой статье описаны некоторые команды, которые вы можете выполнить для автоматизации регистрации экземпляра в существующем стеке: http://lrascao.github.io/opsworks-provisioned-auto-scaling-groups/
Вкратце, попробуйте напрямую создать экземпляры в OpsWorks, если он сработает для вас, все готово.