Греф строк из файла ссылки, сохраняя исходный столбец?

Question

У меня есть две таблицы. Таблица 1 имеет несколько столбцов, а таблица 2 имеет один столбец. Мой вопрос в том, как я могу извлечь строки из таблицы 1 на основе значений в таблице 1. Я думаю, что простой grep должен работать, но как я могу сделать grep для каждой строки. Я хотел бы, чтобы на выходе сохранялся идентификатор таблицы 2, который соответствовал.

Спасибо!

Желаемая Выход:

IPI00004233 IPI00514755;IPI00004233;IPI00106646; Q9BRK5-1;Q9BRK5-2; 
IPI00001849 IPI00420049;IPI00001849; Q5SV97-1;Q5SV97-2; 
... 
...... 

Таблица 1:

IPI00436567; Q6VEP3; 
IPI00169105;IPI01010102; Q8NH21; 
IPI00465263; Q6IEY1; 
IPI00465263; Q6IEY1; 
IPI00478224; A6NHI5; 
IPI00853584;IPI00000733;IPI00166122; Q96NU1-1;Q96NU1-2; 
IPI00411886;IPI00921079;IPI00385785; Q9Y3T9; 
IPI01010975;IPI00418437;IPI01013997;IPI00329191; Q6TDP4; 
IPI00644132;IPI00844469;IPI00030240; Q494U1-1;Q494U1-2; 
IPI00420049;IPI00001849; Q5SV97-1;Q5SV97-2; 
IPI00966381;IPI00917954;IPI00028151; Q9HCC6; 
IPI00375631; P05161; 
IPI00374563;IPI00514026;IPI00976820; O00468; 
IPI00908418; E7ERA6; 
IPI00062955;IPI00002821;IPI00909677; Q96HA4-1;Q96HA4-2; 
IPI00641937;IPI00790556;IPI00889194; Q6ZVT0-1;Q6ZVT0-2;Q6ZVT0-3; 
IPI00001796;IPI00375404;IPI00217555; Q9Y5U5-1;Q9Y5U5-2;Q9Y5U5-3; 
IPI00515079;IPI00018859; P43489; 
IPI00514755;IPI00004233;IPI00106646; Q9BRK5-1;Q9BRK5-2; 
IPI00064848; Q96L58; 
IPI00373976; Q5T7M4; 
IPI00375728;IPI86;IPI00383350; Q8N2K1-1;Q8N2K1-2; 
IPI01022053;IPI00514605;IPI00514599; P51172-1;P51172-2; 

Таблица 2:

IPI00000207 
IPI00000728 
IPI00000733 
IPI00000846 
IPI00000893 
IPI00001849 
IPI00002214 
IPI00002335 
IPI00002349 
IPI00002821 
IPI00003362 
IPI00003419 
IPI00003865 
IPI00004233 
IPI00004399 
IPI00004795 
IPI00004977 

Answer 1

Вы не можете использовать Grep предварять иглу, поэтому нет возможности использовать -f file2.

Используйте петлю и PREPEND вручную:

while read token; do grep $token file1 |xargs -I{} echo $token {} ; done <file2 

В качестве альтернативы, вы можете хранить как результаты grep и grep -o и paste им:

grep -f 2.txt 1.txt >a 
grep -of 2.txt 1.txt >b 
paste b a 

---

Если вы тоже хорошо с использованием awk, попробуйте следующее:

awk 'FNR==NR { a[$0];next } { for (x in a) if ($0 ~ x) print x, $0 }' 2.txt 1.txt 

Пояснение: Для первого файла (до тех пор, как FNR==NR), храните все иглы в массив a ({ a[$0];next }). Затем (неявно) контур по всем строкам второго файла, снова перебирайте все иглы и печатайте иглу и строку, если они найдены.