Несколько негруппированных элементов в R tabular() output

Question

У меня есть data.frame, который я хочу использовать tables::tabular() для настройки хорошей печати в латексе. Он имеет 5 повторяющихся элементов в двух группах (normal и compress), где я хочу, чтобы три элемента не были сгруппированы, а затем остальные были сгруппированы.

test_table <- structure(list(id = structure(c(2L, 3L, 5L, 1L, 4L, 2L, 3L, 5L, 
1L, 4L), .Label = c("GO:0005525", "GO:0005634", "GO:0008270", 
"GO:0019001", "GO:0046914"), class = "factor"), description = c("nucleus", 
"zinc ion binding", "transition metal ion binding", "GTP binding", 
"guanyl nucleotide binding", "nucleus", "zinc ion binding", "transition metal ion binding", 
"GTP binding", "guanyl nucleotide binding"), IPR.group = c("H", 
"W", "W", "AE", "AE", "H", "W", "W", "AE", "AE"), consistent = c(TRUE, 
TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE), p = c(4.92245771293119e-05, 
1.08157386873641e-21, 2.06049782601929e-14, 0.999999999562468, 
0.999999999985399, 1, 1, 0.999999999999996, 6.51428091733489e-09, 
2.3200965815753e-10), padjust = c(0.0166308749872604, 8.52640733187206e-19, 
1.2182693396339e-11, 1, 1, 1, 1, 1, 9.06251433499824e-07, 3.91930601101827e-08 
), metal = c("zn", "zn", "zn", "mg", "mg", "ca", "ca", "ca", 
"ca", "ca"), perc = c(0.841726618705036, 0.831807780320366, 0.519281914893617, 
0.875598086124402, 0.876651982378855, 0, 0, 0, 0, 0), sig = c("TRUE", 
"TRUE", "TRUE", "FALSE", "FALSE", "FALSE", "FALSE", "FALSE", 
"TRUE", "TRUE"), which = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("compress", "normal"), class = "factor")), .Names = c("id", 
"description", "IPR.group", "consistent", "p", "padjust", "metal", 
"perc", "sig", "which"), row.names = c(NA, -10L), class = "data.frame") 

test_table 
      id     description IPR.group consistent   p  padjust metal  perc sig which 
1 GO:0005634      nucleus   H  TRUE 4.922458e-05 1.663087e-02 zn 0.8417266 TRUE normal 
2 GO:0008270    zinc ion binding   W  TRUE 1.081574e-21 8.526407e-19 zn 0.8318078 TRUE normal 
3 GO:0046914 transition metal ion binding   W  TRUE 2.060498e-14 1.218269e-11 zn 0.5192819 TRUE normal 
4 GO:0005525     GTP binding  AE  TRUE 1.000000e+00 1.000000e+00 mg 0.8755981 FALSE normal 
5 GO:0019001 guanyl nucleotide binding  AE  TRUE 1.000000e+00 1.000000e+00 mg 0.8766520 FALSE normal 
6 GO:0005634      nucleus   H  TRUE 1.000000e+00 1.000000e+00 ca 0.0000000 FALSE compress 
7 GO:0008270    zinc ion binding   W  TRUE 1.000000e+00 1.000000e+00 ca 0.0000000 FALSE compress 
8 GO:0046914 transition metal ion binding   W  TRUE 1.000000e+00 1.000000e+00 ca 0.0000000 FALSE compress 
9 GO:0005525     GTP binding  AE  TRUE 6.514281e-09 9.062514e-07 ca 0.0000000 TRUE compress 
10 GO:0019001 guanyl nucleotide binding  AE  TRUE 2.320097e-10 3.919306e-08 ca 0.0000000 TRUE compress 

Таким образом, я могу начать, чтобы получить близко, если я:

library(tables) 
tabular(id ~ which*(p + padjust + metal + perc + sig)*Heading()*identity, data = test_table) 




    which                  
      compress        normal         
id   p   padjust metal perc sig p   padjust metal perc sig 
GO:0005525 6.514e-09 9.063e-07 ca 0 TRUE 1.000e+00 1.000e+00 mg 0.8756 FALSE 
GO:0005634 1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 4.922e-05 1.663e-02 zn 0.8417 TRUE 
GO:0008270 1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 1.082e-21 8.526e-19 zn 0.8318 TRUE 
GO:0019001 2.320e-10 3.919e-08 ca 0 TRUE 1.000e+00 1.000e+00 mg 0.8767 FALSE 
GO:0046914 1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 2.060e-14 1.218e-11 zn 0.5193 TRUE 

Но, как только я пытаюсь добавить description колонку в любом месте, я думаю, это должно быть, я начинаю ошибки:

tabular((id + description) ~ which*(p + padjust + metal + perc + sig)*Heading()*identity, data = test_table) 
# Error in term2table(rows[[i]], cols[[j]], data, n) : Duplicate values: description and p 

tabular((id + IPR.group) ~ which*(p + padjust + metal + perc + sig)*Heading()*identity, data = test_table) 
# Error in term2table(rows[[i]], cols[[j]], data, n) : Duplicate values: IPR.group and p 

Даже кладя description в независимой стороне возвращает что-то действительно смешно, когда персонаж получает превращена в числовой:

tabular(id ~ description + which*(p + padjust + metal + perc + sig)*Heading()*identity, data = test_table) 
         which                  
         compress        normal         
id   description p   padjust metal perc sig p   padjust metal perc sig 
GO:0005525 2   6.514e-09 9.063e-07 ca 0 TRUE 1.000e+00 1.000e+00 mg 0.8756 FALSE 
GO:0005634 2   1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 4.922e-05 1.663e-02 zn 0.8417 TRUE 
GO:0008270 2   1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 1.082e-21 8.526e-19 zn 0.8318 TRUE 
GO:0019001 2   2.320e-10 3.919e-08 ca 0 TRUE 1.000e+00 1.000e+00 mg 0.8767 FALSE 
GO:0046914 2   1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 2.060e-14 1.218e-11 zn 0.5193 TRUE 

я могу фальсифицировать, если я делаю новый столбец, который является конкатенация столбцов Я хочу отображенных, но я должен был бы написать что-то, чтобы сделать их выглядеть последовательным:

test_table$ID <- paste0(test_table$id, " ", test_table$description, " ", test_table$IPR.group) 
test_table$ID <- factor(test_table$ID) 
tabular(ID ~ which*(p + padjust + metal + perc + sig)*Heading()*identity, data = test_table) 


              which                  
              compress        normal         
ID          p   padjust metal perc sig p   padjust metal perc sig 
GO:0005525 GTP binding AE     6.514e-09 9.063e-07 ca 0 TRUE 1.000e+00 1.000e+00 mg 0.8756 FALSE 
GO:0005634 nucleus H      1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 4.922e-05 1.663e-02 zn 0.8417 TRUE 
GO:0008270 zinc ion binding W    1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 1.082e-21 8.526e-19 zn 0.8318 TRUE 
GO:0019001 guanyl nucleotide binding AE 2.320e-10 3.919e-08 ca 0 TRUE 1.000e+00 1.000e+00 mg 0.8767 FALSE 
GO:0046914 transition metal ion binding W 1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 2.060e-14 1.218e-11 zn 0.5193 TRUE 

Я думал, что смогу сделать это, используя один из других решений выше, но не так много. Любая помощь будет оценена по достоинству. Кроме того, любые решения также должны удалить which, который показан выше compress и normal в заголовке таблицы.

Answer 1

Это кажется близко, по крайней мере:

> tabular(id ~ Heading()*which*(description + p + padjust + metal + perc + sig)*Heading()*identity, data = test_table) 

      compress               
id   description     p   padjust metal perc sig 
GO:0005525 GTP binding     6.514e-09 9.063e-07 ca 0 TRUE 
GO:0005634 nucleus      1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 
GO:0008270 zinc ion binding    1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 
GO:0019001 guanyl nucleotide binding 2.320e-10 3.919e-08 ca 0 TRUE 
GO:0046914 transition metal ion binding 1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 

normal                
description     p   padjust metal perc sig 
GTP binding     1.000e+00 1.000e+00 mg 0.8756 FALSE 
nucleus      4.922e-05 1.663e-02 zn 0.8417 TRUE 
zinc ion binding    1.082e-21 8.526e-19 zn 0.8318 TRUE 
guanyl nucleotide binding 1.000e+00 1.000e+00 mg 0.8767 FALSE 
transition metal ion binding 2.060e-14 1.218e-11 zn 0.5193 TRUE 

... но вы не можете быть счастливы с дублированием description столбца в каждой группе which. Возможно, есть способ исправить это, потянув за пределы паранов description, но похоже, что это потребует некоторого другого магического заклинания, поскольку наивное изменение жалуется на ошибку о повторяющихся значениях в сочетании с p.

Edit: (? Возможно) Так близко к магическому заклинанию ...

tabular(id ~ (description*Heading()*min)+Heading()*which*(p + padjust + metal + perc + sig)*Heading()*identity, data = test_table) 

Это выглядит правильно. Проблема, кажется, tabular действительно хочет применить итоговую функцию к description. unique(), вероятно, будет лучшим выбором «фиктивной» итоговой функции, чем min(). В этом случае я полагаю, и, похоже, дает тот же результат.

Edit: Последние уточнения ...

> tabular(id ~ (description*Heading()*unique)+Heading()*which*(p + padjust + metal + perc + sig)*Heading()*identity, data = test_table) 

             compress        
id   description     p   padjust metal perc sig 
GO:0005525 GTP binding     6.514e-09 9.063e-07 ca 0 TRUE 
GO:0005634 nucleus      1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 
GO:0008270 zinc ion binding    1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 
GO:0019001 guanyl nucleotide binding 2.320e-10 3.919e-08 ca 0 TRUE 
GO:0046914 transition metal ion binding 1.000e+00 1.000e+00 ca 0 FALSE 

normal         
p   padjust metal perc sig 
1.000e+00 1.000e+00 mg 0.8756 FALSE 
4.922e-05 1.663e-02 zn 0.8417 TRUE 
1.082e-21 8.526e-19 zn 0.8318 TRUE 
1.000e+00 1.000e+00 mg 0.8767 FALSE 
2.060e-14 1.218e-11 zn 0.5193 TRUE