Вычисление скорректированных значений p в Python

Question

Итак, я потратил некоторое время на поиск способа получить скорректированные значения p (ака исправленные p-значения, q-значения, FDR) в Python, но у меня нет действительно что-то нашел. Есть функция Rp.adjust, но я хотел бы придерживаться кодирования Python, если это возможно. Есть ли что-то подобное для Python?

Если это как-то плохой вопрос, извините заранее! Сначала я искал ответы, но не нашел ни одного (кроме версии Matlab) ... Любая помощь приветствуется!

Answer 1

Доступно в статистических моделях.

http://statsmodels.sourceforge.net/devel/stats.html#multiple-tests-and-multiple-comparison-procedures

http://statsmodels.sourceforge.net/devel/generated/statsmodels.sandbox.stats.multicomp.multipletests.html

и некоторые объяснения, примеры и Монте-Карло http://jpktd.blogspot.com/2013/04/multiple-testing-p-value-corrections-in.html

Answer 2

Вы можете попробовать: rpy2, что позволяет вам импортировать R-функции (b.t.w., базовый поиск возвращает How to implement R's p.adjust in Python).

Другая возможность - это посмотреть на математику, переделав ее самостоятельно, потому что она по-прежнему относительно проста.

По-видимому, существует постоянная реализация в scipy: http://statsmodels.sourceforge.net/ipdirective/_modules/scikits/statsmodels/sandbox/stats/multicomp.html. Возможно, это уже можно использовать.