1
Я новичок в python или, более конкретно, в ipython. Я выполнял шаги, чтобы запустить то, что должно быть очень простым преобразованием Dicom в статистическом пакете под названием SPM для файла изображений MRI, как описано в NiPype. Я не могу заставить его работать, и мне было интересно, что я делаю неправильно. Я не получаю сообщение об ошибке, вместо этого нет изменения файла или вывода. Он просто висит. Кто-нибудь знает, что я могу делать неправильно? Вполне вероятно, что я пропускаю что-то очень простое здесь (извините :(SPM Dicom Преобразование в python (Ipython/Nipype)
import os
from pylab import *
from glob import glob
from nipype.interfaces.matlab import MatlabCommand as mlab
mlab.set_default_paths('/home/orkney_01/s1252042/matlab/spm8')
from nipype.interfaces.spm.utils import DicomImport as di
os.chdir('/sdata/images/projects/ASD_MM/1/datafiles/restingstate_files')
filename = "reststate_directories.txt"
restingstate_files_list = [line.strip() for line in open(filename)]
for x in restingstate_files_list:
os.chdir(x)
y = glob('*.dcm')
conversion = di(in_files = y))
print(res.outputs)
Попробуйте добавить в свой код некоторые операторы 'print()', чтобы вы могли видеть, как далеко оно доходит до повешения - это поможет вам сузить проблему. –
Действительно ли '/ sdata/images/projects/ASD_MM/1/datafiles/restingstate_files' действительно каталог, который вы хотите? то есть sdata является потомком корня? если sdata находится в каталоге ниже того, в котором работает ваш скрипт, затем удалите ведущий '/' –