The documentation говорит:
Для каждого FTS виртуальной таблицы в базе данных, три-пять реальных (не виртуальных) таблицы создаются для хранения исходных данных. Эти реальные таблицы называются «теневыми таблицами». Реальные таблицы называются «% _content», «% _segdir», «% _segments», «% _stat» и «% _docsize», где «%» заменяется именем виртуальной таблицы FTS.
Таким образом, чтобы избавиться от этой таблицы, падение теневых таблиц:
DROP TABLE tablename_content;
DROP TABLE tablename_segdir;
DROP TABLE tablename_segments;
DROP TABLE tablename_stat;
DROP TABLE tablename_docsize;
И затем использовать (очень опасно) PRAGMA writable_schema, чтобы удалить оставшуюся информацию об этой таблице из системной таблицы:
PRAGMA writable_schema = ON;
DELETE FROM sqlite_master WHERE type = 'table' AND name = 'tablename';
SQLite кэширует информацию о схеме, поэтому вам нужно закрыть и повторно открыть базу данных.