Я хотел бы подойти к этому, написав скрипт, который принимает список всех файлов в каталоге, сохраняет их в массив (так как вы используете PHP), а затем один на один запросов к базе данных, чтобы увидеть, если они существуют в таблице.
Если это так, то ничего не делайте, если они не удаляют его.
Было бы также полезно зафиксировать в файле журнала имена тех, которые вы удалили только для истории.
Вы можете запустить это в командной строке с помощью curl и даже настроить его как задание chron (если вы работаете в Linux) или запланированное задание (на окнах), чтобы оно запускалось автоматически.
Что у вас есть в вашем столе? полные пути изображений? –
Что у вас в БД? имена файлов, а также содержимое файла? –