bgzip все файлы VCF в каталоге?

Question

Итак, я пытался параллельно bgzip около 100 файлов VCF, но, несмотря на то, что задания отправлены и файлы создаются, определенно что-то не так.

До сих пор я пытался:

$for file in *.vcf 

> do 

> bsub /foo/bar/bgzip $file 

>> $file.gz 

Что такое правильный способ сделать это?

Заранее благодарен!

Answer 1

Если, как мои websearches предполагают, bgzip работает точно так же, как gzip, вы не указали выходной файл:

for f in *.vcf; do 
    bsub bgzip "$f" 
done 

Вы должны также двойные кавычки переменных в случае, если ваши имена файлов имеют пробелы в них ,