Ошибка в breseq во время работы bowtie2

Question

Недавно я попытался использовать breseq для анализа нескольких данных последовательности бактерий. Тем не менее, я получил фатальную ошибку, когда breseq использовал bowtie2, чтобы выровнять необработанные данные в эталонном геноме.

Вот критическая часть ошибки, что я получил:
+++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome [system] bowtie2-build -q test_breseq/data/reference.fasta test_breseq/02_reference_alignment/reference [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Error: the match penalty is greater than 0 (1) but the --score-min function can be less than or equal to zero. Either let the match penalty be 0 or make --score-min always positive. Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1) Command: /usr/bin/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference --passthrough -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq (ERR): bowtie2-align exited with value 1 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!> FATAL ERROR <!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! Error running command: [system] bowtie2 -t -p 4 --local -L 31 --ma 1 --mp 3 --np 0 --rdg 2,3 --rfg 2,3 --ignore-quals -k 2000 -i S,1,0.25 --score-min L,0,0.9 --reorder -x test_breseq/02_reference_alignment/reference -U test_breseq/01_sequence_conversion/MRSA_10C.1.converted.fastq -S test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.sam --un test_breseq/02_reference_alignment/MRSA_10C.1.stage1.unmatched.fastq Result code: 256 FILE: libbreseq/common.h LINE: 1384 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

Все шаг перед запуском bowtie2 (samtools, преобразование FASTQ) работал нормально. Согласно ошибке, это было из-за функции score-min, которая имеет 0 в качестве минимальной оценки (--score-min L,0,0.9). Команда для bowtie2 индивидуально работала, когда я сменил функцию на --score-min L,0.1,0.9 (0 заменено на 0,1). Но похоже, что эта часть была закодирована в breseq (не так ли?).

Несколько более подробно о моей проблеме:
- Команда для запуска breseq был: breseq -o OUTPUT_DIR -j 4 -r REFERENCE.fastq RAWDATA.1.FASTQ.GZ RAWDATA.2.FASTQ.GZ
- Raw тип данных: MiSeq (150x2)
- bowtie2 's версия: 2.3.0
- breseq' s версия: 0.29.0
- ОС: Linux 16.04 LTS
- Испытания также получили аналогичную ошибку.

Это ошибка, или я просто использовал ее неправильно? Буду признателен за любые замечания или рекомендации.

Answer 1

Это правильно. Эта ошибка вызвана изменением новой версии bowtie2 (2.3.0), чтобы запретить использование опций breseq для ее вызова.

Следующая версия breseq обновит свои возможности для совместимости с новым bowtie2. Я должен освободить это через неделю или две. Этот код уже проверен в репозитории GitHub, если вы хотите построить его и использовать bowtie 2.3.0. Или вы можете временно использовать версию 2.2.9 bowtie2 с текущей версией breseq.