.msl, .csdl и .ssdl является результатом EDMX-компиляции, если вы не в их возможности размещения проверки сборки, что «EntityDeploy» для «Создание действия» в свойствах файла .edmx (в обозревателе решений) и «Копировать в каталог вывода» выбрано для «Обработка артефактов метаданных» в свойствах модели (в дизайнере моделей), обновите модель и перестройте решение. После этого они будут скопированы в подпапку bin \ Debug.
BTW, вы можете выбрать «Вставить в сборку вывода», обновить строку подключения, удалить ссылки на эти файлы из решения и не волновать их больше.