Применение PCA на определенной ковариационной матрице пользователя

Question

Я пытаюсь применить анализ основных компонентов в ковариационной матрице, оцененной по отношениям между всеми индивидами, см. Mm в следующем примере. я оценю его так много, если кто может показать мне, как это сделать

Пример:

library(BLR) 
library (rrBLUP) 
data(wheat) 

Мм ковариационная матрица, что я хочу, чтобы вычислить PCA

Mm <- A.mat(X)     

Answer 1

Попробуйте следующее используя ваш набор данных. Я не уверен, что это вы после

pca <- prcomp(Mm, scale=T) 

# Check out whats in it 
str(pca) 

# Prints variance summary for all principal components. 
summary(pca) 

# Accesses subset of components. 
summary(pca)$importance[, 1:20] 

require(GGally) 
ggpairs(pca$x[,1:4])