GSEA-R ошибка R Mac OSX El Capitan

Не знаю, как много людей все еще используют R сценарий для GSEA, но когда я пытаюсь загрузить сценарий и его функцию:GSEA-R ошибка R Mac OSX El Capitan

GSEA.program.location <- ("file location of GSEA.1.0.R") 
source(GSEA.program.location, verbose=T, max.deparse.length=9999)

Я получаю эту ошибку

'envir' chosen:<environment: R_GlobalEnv> 
encoding = "native.enc" chosen 
Error: '\%' is an unrecognized escape in character string starting ""Tag \%"

Я считаю, что мне нужно удалить backspace, но я искал через GSEA.1.0.R и исходный код функции «source», и я не могу найти этот «\%». Что я делаю неправильно?

Session info: 
R version 3.2.2 (2015-08-14) 
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) 
Running under: OS X 10.11.1 (El Capitan) 

locale: 
[1] C/C/C/C/C/en_GB.UTF-8 

attached base packages: 
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base  

other attached packages: 
[1] biomaRt_2.26.0 WGCNA_1.48 RSQLite_1.0.0 DBI_0.3.1 fastcluster_1.1.16 dynamicTreeCut_1.62 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] reshape2_1.4.1  splines_3.2.2   lattice_0.20-33  colorspace_1.2-6  htmltools_0.2.6  
[6] stats4_3.2.2   yaml_2.1.13   survival_2.38-3  XML_3.98-1.3   foreign_0.8-66  
[11] BiocGenerics_0.16.1 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.15.0 foreach_1.4.3   plyr_1.8.3   
[16] stringr_1.0.0   munsell_0.4.2   gtable_0.1.2   codetools_0.2-14  latticeExtra_0.6-26 
[21] Biobase_2.30.0  IRanges_2.4.1   doParallel_1.0.10  parallel_3.2.2  AnnotationDbi_1.32.0 
[26] preprocessCore_1.32.0 GSEABase_1.32.0  proto_0.3-10   Rcpp_0.12.1   acepack_1.3-3.3  
[31] xtable_1.8-0   scales_0.3.0   S4Vectors_0.8.1  Hmisc_3.17-0   graph_1.48.0   
[36] annotate_1.48.0  gridExtra_2.0.0  impute_1.44.0   ggplot2_1.0.1   digest_0.6.8   
[41] stringi_1.0-1   grid_3.2.2   tools_3.2.2   bitops_1.0-6   magrittr_1.5   
[46] RCurl_1.95-4.7  Formula_1.2-1   cluster_2.0.3   GO.db_3.2.2   MASS_7.3-45   
[51] rmarkdown_0.8.1  iterators_1.0.8  rpart_4.1-10   nnet_7.3-11

источник

2015-11-16 Claire

Что такое «сценарий R для GSEA»? Где его можно найти? – Roland

Вы загрузите его здесь http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp. Сценарий GSEA.1.0.R находится в распакованной папке – Claire

Я думаю, что это известная проблема, см. Http://www.broadinstitute.org/cancer/software/gsea/wiki/index.php/Known_Issues#16_warnings_on_R_version_2.5_or_higher – zx8754

Почему бы не попробовать GSEApy, он прост в использовании и поддерживает многие библиотеки. смотрите здесь: https://github.com/BioNinja/gseapy

установка:

conda install -c bioconda gseapy

или использовать пип:

pip install gseapy

источник

2017-09-08 06:56:08 AlxNinja

Эти предупреждения возникают, когда у вас есть R версии 2.5 и более поздней версии. Чтобы исправить, удалите одиночные обратные косые черты перед этими символами, так как нет необходимости их избегать в версиях R версии 2.5 и выше.

источник

2017-12-02 05:45:20

GSEA-R ошибка R Mac OSX El Capitan

ответ

Смежные вопросы