Написание сценариев Python или TCL VMD

Question

Кто-нибудь знает полный учебник, чтобы узнать о написании Python или TCL-скриптах? Я хочу написать сценарий для загрузки молекулы, сделать 3 ее представления, и изменить атрибуты (например, метод окраски, метод рисования, isovalue и т. Д.) Каждого из них и, наконец, сделать изображение.

Я прошел этот учебник, но все, что он учит делать со сценарием, - это загрузить молекулу и выбрать атомы. http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/node4.html

Есть ли какой-нибудь источник, чтобы научиться писать сценарий для выполнения более сложных операций vmd?

Answer 1

Для общего обучения Tcl есть Tcl Tutorial. Для общего обучения Python есть The Python Tutorial (Python 2 version). Вам нужно выбрать, какой маршрут вы там используете. Тогда у вас будет достаточно информации, чтобы посмотреть на VMD documentation и сделать свой собственный путь, если вы немного изобретательны в том, как решить проблему. Вы можете задать здесь, когда у вас есть проблема, на которую вы застряли; Stack Overflow - это помощь в решении конкретных проблем, а не общих проблем «где я начинаю работать над этим проектом ?!».

Answer 2

Возможно, вы сначала создали свои представления, изменили атрибуты и т. Д. Затем, когда вы закончите, вы сохраните состояние в файл (Файл-> Сохранить состояние визуализации ...). Файл, созданный таким образом, является скриптом, который можно редактировать с помощью обычного текстового редактора. Например, вы можете искать и заменять имена файлов молекул, которые вы загружали, применять одни и те же представления к другим молекулам. Вы также можете добавить команду рендеринга в конце файла сценария, например:

render tachyon rendered_image.tga 

После редактирования файла вы можете загрузить его непосредственно в VMD с помощью государства File-> Load Visualization ... В качестве альтернативы вы может загрузить его при запуске VMD:

vmd -e your_edited_visualization_state_file.vmd