В биоинформатике, что такое синглтон?

Question

Я быстро понял, что биоинформатика не является предметом, который четко определяет свои термины и легко доступен. У меня есть явное несоответствие с некоторыми из моих результатов.

Я использовал samtools view -b -h -f 8 fileName.bam > mateUnmapped.bam в нескольких файлах BAM. У меня создается впечатление, что эта команда извлекает только те чтения, чей партнер не согласуется с черновиком проекта (также включает заголовок, выход находится в формате BAM)

Когда я использую samtools 'flagstat' в результирующих файлах, я получаю интересный результат : количество «синглтонов» не соответствует общему количеству чтений ... что кажется мне странным.

Единственное примирение можно найти здесь:

http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=46711

Один человек, который отвечает на вопрос, поставленный в этом форуме утверждает, что одноэлементные иногда определяются как последовательности, которые не имеют партнера для чтения на всех , Однако это еще не объясняет мой результат. Флагстат говорит, что около 40% моих чтений являются синглонами, но я чувствую, что, основываясь на команде «вид», которую я использовал, они должны ВСЕ быть одиночными.

Может ли опытный биоинформатик помочь мне?

Answer 1

В общей геномной сборке синглтон является прочитанным, который не собирался в контиг или карту к ссылке. Это всего лишь 1 чтение.

В samtools синглтон относится к чтению, которое отображается, но помощник этого не сделал.

Flagstat говорит о 40% моем чтении одноэлементно, но я чувствую, что на основе команды «вид» я использовал, все они должны быть одиночка.

Я не эксперт по салтунам, но я думаю, что -f 8 означает показания чтения, чьи помощники не отображались. Это ничего не говорит о самом чтении, просто его помощник. Таким образом, вы, вероятно, читаете, где оба друга, которые не отображали вообще (60%), и читают, где только один из сопоставленных матчей (40%). ?

Возможно, вы захотите, чтобы у вас работает -f 8 -F 4, который будет отображаться, но чьи друзья этого не сделали.