Я сейчас пишу скрипт в python, который принимает несколько флагов. Это моя первая попытка такой программы, и я получаю вывод из сценария bash, который я не совсем понимаю. Например, когда я бегу сценарий в Баш оболочки:странный вывод при использовании флагов в python
$ python my_script.py -f <input_file.txt> -k <test_string> -c <user_input>
я получаю этот выход перед выходом моего сценария:
usage: rm [-f | -i] [-dPRrvW] file ...
unlink file
Я не могу избавиться от этого, который расстраивает привлекательность выпуска. Любая помощь будет замечательной!
кода я использую:
import sys, getopt, re, subprocess, collections, itertools
def find_kmers(arguments=sys.argv[1:]):
required_opts = ['-f','-c','-k']
opts, args = getopt.getopt(arguments,'f:k:c:')
opt_dic = dict(opts)
for opt in required_opts:
if opt not in opt_dic:
return "incorrect arguments, please format as: python_script.py -f <filename> -k <kmer> -c <chromosome_name>"
def rev_comp(sequence):
reversed_dic = {'A':'T','T':'A','C':'G','G':'C'}
return ''.join(reversed_dic[_] for _ in sequence[::-1])
kmer = opt_dic['-k']
subprocess.call(['bash','-c',"grep '>' S288C_R64.fasta > grep.tmp"])
chromosomes = [_[1:].strip() for _ in open('grep.tmp')]
subprocess.call(['bash','-c','rm','grep.tmp'])
found = False
if any(opt_dic['-c']==_ for _ in chromosomes):
found = True
def get_sequence(file):
sequence = ''
for line in file:
if line.startswith('>'): break
sequence += line.strip()
return sequence.upper()
ofile = open(opt_dic['-f'])
if found == True:
for line in ofile:
if line.startswith('>'):
if line[1:].strip() == opt_dic['-c']:
sequence = get_sequence(ofile)
break
else:
return 'chromosome not found in %s. \n chromosomes in file are:%s'%(opt_dic['-f'],', '.join(str(_) for _ in chromosomes))
kmer_matches1 = re.finditer('(?=%s)'%opt_dic['-k'],sequence)
kmer_matches2 = re.finditer('(?=%s)'%opt_dic['-k'],rev_comp(sequence))
def print_statement(start,strand):
return '%s\thw1_script\tkmer=%s\t%s\t%s\t.\t%s\t.\tID=S288C;Name=S288C\n'%(opt_dic['-c'],opt_dic['-k'],start,start+len(opt_dic['-k'])-1,strand)
pos_strand = collections.deque()
neg_strand = collections.deque()
for match1,match2 in itertools.izip(kmer_matches1,kmer_matches2):
pos_strand.append(match1.start()+1)
neg_strand.append(match2.start()+1)
wfile = open('answer.gff3','w')
while len(pos_strand)>0 and len(neg_strand)>0:
if pos_strand[0]<neg_strand[0]:
start = pos_strand.popleft()
wfile.write(print_statement(start,'+'))
else:
start = neg_strand.popleft()
wfile.write(print_statement(start,'-'))
while len(pos_strand)>0:
start = pos_strand.popleft()
wfile.write(print_statement(start,'+'))
while len(neg_strand)>0:
start = neg_strand.popleft()
wfile.write(print_statement(start,'-'))
wfile.close()
return 'percent-GC = %s'%str(sum(sequence.count(gc) for gc in ["G","C"])/float(len(sequence)))
if __name__ == '__main__':
print find_kmers()
Проявите исходный код! – Krumelur
вы явно называете «rm» откуда-то из вашего исходного кода ... вы не должны этого делать ... –
О, я понял. Если я сделаю изменение командой rm для: subprocess.call (['bash', '- c', 'rm grep.tmp']), я получаю то, что хочу. Извините за немой вопрос: все – lstbl