2013-08-27 4 views
1

Я новичок в подаче R-пакета. Я написал программу, использующую основные функции внутри R, чтобы манипулировать данными дерева филогении. Я полагался на пакет APE. После почти года работы над этим, мне пора отправить пакет, и у меня очень мало времени переписать его как стиль S3/4, если это не требуется.Минимальные требования к подаче R-пакета

В настоящее время это очень простой базой с функциями 30+, и есть класс водителя. В подаче пакета много жаргона, и поэтому трудно понять результаты Google. Буду признателен за любую помощь.

Мои функции очень просты. Например, GetRoot получает корень текущего дерева (APE объекта Фил) и GetAncestor получает предок к текущему узлу:

getRoot <- function(cur_Tree){ 
    return(length(cur_Tree$tip.label)+1) 
} 

getAncestor <- function(cur_Node, cur_Tree){ 
    ... 
return(ancestor) 
} 
  1. Разве это нормально или я должен сделать что-нибудь еще отправить пакет? Позже (в течение следующих нескольких месяцев) у меня было бы время, чтобы преобразовать эти функции в S3/4, но на данный момент самое главное, чтобы получить его там на CRAN.

  2. Нужно ли писать виньетку в латексе или я могу уйти с написанием всех требований в слове? (Я считаю, что видел виньетку, написанную словом -> pdf)

  3. Любые другие предложения/ссылки?

Кроме того, я думаю, что команда разработчиков R совершила феноменальную работу с R и поддерживала библиотеки пакетов. Мое намерение состоит не в том, чтобы вырезать углы ... просто у меня есть программа, написанная на R, которая завершена, и я бы хотел ее отправить. Кроме того, хотя github - отличный ресурс для хостинга кода, моя основная задача - отправить пакет в CRAN.

Спасибо!

+3

Почему это * самая важная вещь * чтобы ваш пакет на CRAN был как можно скорее? Я нахожу это побуждение тревожным, есть ли скрытая повестка дня? – baptiste

+0

Нет заговора или скрытой повестки дня, чтобы как можно скорее получить мой пакет на CRAN ... Я понимаю, что мой пост каким-то образом намекает на это. Мой пакет способствует науке и направлен на пользователей с небольшим фоном с R. Вот почему у меня есть класс водителя, который использует мои функции. По крайней мере, с CRAN, установка проста, и пакет может быть найден другими учеными, которые в этом нуждаются. – laemtao

+0

достаточно справедливо :) просто хотел знать – baptiste

ответ

2

Чтобы получить программу на CRAN это основные вопросы:

  • имеют структуру пакета (не только кучу .r файлов)
  • проход проверки R CMD - как-лесоматериало

Подсказка: R пакет DevTools это действительно большая помощь в разработке пакетов.

Прохождение проверки R CMD включает в себя довольно много вещей. Как с документацией, ...

На самом деле самая первая проверка - это не только проверка R CMD. Кто-то ненадолго просмотрит пакет.

Я помню, что меня просили написать «временные ряды» вместо временных рядов в моем описании ... файле.

Но, помимо официальных вопросов, политика CRAN не слишком строгая.