Ваш самый низкий общий знаменатель для создания приложений, которые без видимости запускаются как на LAMP, так и на Microsoft, представляет собой PHP.
Perl - еще один вариант, он хорошо поддерживается как для Windows, так и для Linux/Apache. Но я думаю, что я бы выбрал PHP поверх Perl из-за поддержки FastCGI, которая повышает надежность и производительность в стеке Windows. Microsoft и Zend много работали над PHP для Windows, так что вы можете писать PHP-приложения и уверенно ожидать, что они будут хорошо работать на обеих платформах. Доказательством пудинга является то, что Joomla, WordPress, phpBBS и многие другие известные PHP-приложения с открытым исходным кодом запускаются прямо из окна Windows.
Также как разработчик и инженер поддержки третьей очереди для совместной веб-хостинговой компании, обладающий достаточным опытом в этой области, я бы сказал, что PHP в Windows каждый бит является гибким, эффективным и надежным, как PHP на стек LAMP.
Наконец, Ruby on Rails и Python/DJango не поддерживают поддерживаемые параметры IIS и не будут существовать на платформах общего доступа. Это в основном связано с количеством доступа к консоли, которое вам нужно было бы сбить вещи в форму, чтобы иметь возможность запускать Rails/DJango.