Если вы хотите сравнить исходный код, а затем с помощью довольно форматировщик (например, один в VS), чтобы нормализовать форматирование, вам все равно нужно обрабатывать упорядоченность членов и комментарии и т.д.
Лучше может быть используйте Reflector на скомпилированных сборках. Выберите каждый класс, разверните его методы (если вы хотите включить реализацию метода в сравнение), скопируйте и вставьте в текстовый файл, а затем сравните текстовые файлы.
Это должно устранить все несущественные (то есть не в сборке) детали.
(Обратите внимание, что может быть отражатель плагин, чтобы сделать это непосредственно.)