knitr HTML-вывод слишком большой

Question

Я использую/Возможность генерации HTML-кода для некоторых блогов. Я нашел его чрезвычайно полезным и удобным, но в последнее время некоторые проблемы с размером файла.

Когда я вязал скрипт с графикой, использующей шейп-файлы или ggmap изображений, html-файл становится слишком большим для хоста блога, чтобы понять его (я пробовал как с блоггером, так и с wordpress). Я считаю, что это связано с относительно большими файлами data.frames/files, которые являются шейп-файлами/ggmap, помещаемыми в html-форму. Есть ли что-нибудь, что я могу сделать, чтобы получить меньший файл html, который может быть проанализирован хостом блога?

Для справки: вывод html из сценария rmarkdown с одним графическим изображением с использованием слоя ggmap, слоя шейп-файлов и некоторых данных составляет 1,90 МБ, что слишком велико для блоггера или Wordpress для обработки в входе html. Спасибо за любые идеи.

Answer 1

Единственное, что вы могли бы сделать, это не использовать встроенное изображение и другие ресурсы. Для достижения этой цели, вы можете установить self_contained опцию в заголовке YAML для вашего документа false, например:

--- 
output: 
    html_document: 
    self_contained: false 
--- 

Больше информации здесь: http://rmarkdown.rstudio.com/html_document_format.html

Answer 2

Ниже 3 различных вариантов, чтобы помочь вам уменьшить размер файла файлов HTML с кодированными изображениями.

---

1. Оптимизировать существующий HTML файл

Вы можете запустить this Python script на существующий HTML-файл. Сценарий:

• Декодирование base64 кодированные изображения
• запустить pngquant, чтобы оптимизировать изображения
• перекодировать оптимизированные изображения как base64

Использование:

python optimize_html.py infile.html 

Он записывает вывод в infile-optimized.html.

---

2. Используйте встроенный knitr крюк для оптимизации PNG изображения

knitr 1,15 включает в себя крючок под названием hook_optipng, который будет запускать программу optipng на сгенерированных файлов PNG, чтобы уменьшить размер файла.

Вот .Rmd пример (взято из: knitr-examples/035-optipng.Rmd):

# 035-optipng.Rmd 

This demo shows you how to optimize PNG images with `optipng`. 

```{r setup} 
library(knitr) 
knit_hooks$set(optipng = hook_optipng) 
``` 

Now we set the chunk option `optipng` to a non-`NULL` value, 
e.g. `optipng=''`, to activate the hook. This string is passed to 
`optipng`, so you can use `optipng='-o7'` to optimize more heavily. 

```{r use-optipng, optipng=''} 
library(methods) 
library(ggplot2) 
set.seed(123) 
qplot(rnorm(1e3), rnorm(1e3)) 
``` 

---

3. Напишите свой knitr крюк для любого изображения оптимизатора

Writing your own hook тоже довольно легко, поэтому я написал крюк, который вызывает программу pngquant.Я нахожу, что pngquant работает быстрее, а выходные файлы меньше и выглядят лучше.

Вот пример .R, который определяет и использует hook_pngquant (взято из this gist).

#' --- 
#' title: "pngquant demo" 
#' author: "Kamil Slowikowski" 
#' date: "`r Sys.Date()`" 
#' output: 
#' html_document: 
#'  self_contained: true 
#' --- 

#+ setup, include=FALSE 
library(knitr) 

# Functions taken from knitr/R/utils.R 
all_figs = function(options, ext = options$fig.ext, num = options$fig.num) { 
    fig_path(ext, options, number = seq_len(num)) 
} 
in_dir = function(dir, expr) { 
    if (!is.null(dir)) { 
    owd = setwd(dir); on.exit(setwd(owd)) 
    } 
    wd1 = getwd() 
    res = expr 
    wd2 = getwd() 
    if (wd1 != wd2) warning(
    'You changed the working directory to ', wd2, ' (probably via setwd()). ', 
    'It will be restored to ', wd1, '. See the Note section in ?knitr::knit' 
) 
    res 
} 
is_windows = function() .Platform$OS.type == 'windows' 
in_base_dir = function(expr) { 
    d = opts_knit$get('base.dir') 
    if (is.character(d) && !file_test('-d', d)) dir.create(d, recursive = TRUE) 
    in_dir(d, expr) 
} 

# Here is the code you can modify to use any image optimizer. 
hook_pngquant <- function(before, options, envir) { 
    if (before) 
    return() 
    ext = tolower(options$fig.ext) 
    if (ext != "png") { 
    warning("this hook only works with PNG") 
    return() 
    } 
    if (!nzchar(Sys.which("pngquant"))) { 
    warning("cannot find pngquant; please install and put it in PATH") 
    return() 
    } 
    paths = all_figs(options, ext) 
    in_base_dir(lapply(paths, function(x) { 
    message("optimizing ", x) 
    cmd = paste(
     "pngquant", 
     if (is.character(options$pngquant)) options$pngquant, 
     shQuote(x) 
    ) 
    message(cmd) 
    (if (is_windows()) 
     shell 
     else system)(cmd) 
    x_opt = sub("\\.png$", "-fs8.png", x) 
    file.rename(x_opt, x) 
    })) 
    return() 
} 

# Enable this hook in this R script. 
knit_hooks$set(
    pngquant = hook_pngquant 
) 

#' Here we set the chunk option `pngquant='--speed=1 --quality=0-50'`, 
#' which activates the hook. 

#+ use-pngquant, pngquant='--speed=1 --quality=0-50' 
library(methods) 
library(ggplot2) 
set.seed(123) 
qplot(rnorm(1e3), rnorm(1e3)) 

Я предпочитаю писать свои отчеты в сценариях R (.R) вместо уценки документов R (.Rmd). См. http://yihui.name/knitr/demo/stitch/ для получения дополнительной информации о том, как это сделать.