Поскольку Azure Web Apps использует IIS для размещения приложений PHP, которыми можно управлять с помощью конфигураций web.config. По моему опыту, проблема возникла из-за того, что IIS не может найти входной файл вашего PHP-приложения.
Например:
1, вход файл находится в корневом каталоге приложения, но имя файла не является документом по умолчанию, которое будет автоматически запускать IIS в качестве index.php. Когда вы посещаете свой сайт, IIS найдет файл в документах по умолчанию по сортировке и запустит первый найденный файл.
--Solution--
Е.Г. входной файл называется app.php, мы можем войти на портал управления Azure, на вкладке CONFIGURE вашего сайта, добавьте app.php под по умолчанию документы раздел, перезапустите ваш сайт. 
2, файл входа в приложение не находится в корневом каталоге, например. входной файл находится в папке app в корневом каталоге. Мы можем добавить файл с именем web.config, чтобы настроить наш сайт. 
Добавляет модуль перезаписи URL в web.config, как: <?xml version="1.0"?> <configuration> <system.webServer> <rewrite> <rules> <clear /> <rule name="RewriteRequestsToPublic" stopProcessing="true"> <match url="^(.*)$" /> <conditions logicalGrouping="MatchAll" trackAllCaptures="false"> </conditions> <action type="Rewrite" url="app/index.php/{R:0}" /> </rule> </rules> </rewrite> </system.webServer> </configuration>