Импорт SNOMED CT в Neo4J

Question

Мне нужно импортировать онтологию SNOMED CT в базу данных графа, в данном случае Neo4J, но в конечном итоге это может быть другой выбор.

Однако я не смог найти четкое изображение модели реляционных данных SNOMED CT, чтобы достичь этого. Или, по крайней мере, упрощенные представления SQL, которые выставляют сущность relantionship таким образом, который может быть сопоставлен с базой данных графа.

Я был бы очень признателен за любые рекомендации или предыдущие впечатления от этого вопроса.

Answer 1

Непосредственная попытка сериализации реляционной модели данных, вероятно, будет довольно сложной и приведет вас дальше от вашей цели.

Стоит отметить, что данные SNOMED уже доступны в формате RDF. Таким образом, вы получаете структуру графа «бесплатно».

Например, проект this предоставляет данные в формате RDF, и размещение данных RDF в графике довольно просто, независимо от вашего выбора Titan или Neo4j.

Side Примечание:

Мой коллега фактически работал на импорт данных SNOMED в Grakn Graph, семантическая система график мы оба работать. Если вам интересно, вы можете проверить его работу here. Grakn - это семантическое графическое решение, которое работает над Titan.

Answer 2

Есть на самом деле три таблицы, понятие, описание и отношения

Вы найдете их описаны здесь: https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCTIG/3.1.+Components

Наиболее важными являются отношениями отношений и понятий и описаний и концепций.

Answer 3

Если вы ищете образец того, как моделировать понятия, описания и отношения в базе данных Graph. У меня есть пример проекта в Github, который может загружать данные Snomed в базу данных Neo4j.

https://github.com/pradeepvemulakonda/Snomed

Перед тем, как перейти в детали реализации, я хотел бы предложить попробовать следующий браузер данных SNOMED на

http://ontoserver.csiro.au/shrimp/

После того, как вы получите ощущение понятий и отношений, вы можете пойти через реализацию. Вы можете использовать следующий пояс, чтобы понять, как вы можете запросить загруженные концепции и отношения в Neo4j.

https://neo4j.com/graphgist/95f4f165-0172-4b3d-981b-edcbab2e0a4b#listing_category=health-care-and-science

Answer 4

SNOMED могут быть загружены в MySQL с использованием UMLS (единая система медицинского языка) выпущенный NIH. После загрузки таблицы MRREL содержит все отношения между узлами SNOMED. Если вы хотите загрузить его прямо сейчас в Neo4j, вы можете полностью пропустить шаг MySQL и работать непосредственно с файлами RRF UMLS. Формат документации RRF невелик, но файлы легко разбирают табличный текст.