Несмотря на то, что это очень старый вопрос, я хотел бы уточнить: «пакеты Java-уровня» (о которых идет речь) и Android. «APK» - это два разных зверя. Java-пакеты «пакеты» - это пространства имен для организации классов в вашем приложении, тогда как имя «package» для Android предоставляет глобально уникальный идентификатор для всего вашего приложения.
Обычно, как минимум, часть источников Java в проекте находится в пакете Java («пространство имен»), соответствующем имени приложения для Android, но это просто для удобства и совсем не требуется. Очень часто в нескольких проектах Java есть несколько пакетов Java. Добавление к проекту 3-х сторонних классов Java с разными пространствами имен не влияет на имя результирующего пакета Android. Весь проект должен иметь глобально уникальное имя пакета Android, определенное в манифесте, которое позднее используется для идентификации вашего приложения в Google Play.