Файл генерируется с использованием некоторых распространенных идей о том, какие файлы следует включать в исходный дистрибутив. Если его нет, его можно легко восстановить. Как правило, если вы хотите внести изменения (например, добавив файл, который генерирует не по умолчанию), вы фактически вносите изменения в MANIFEST.in file. Файл Manifest.in, с которым ДОЛЖЕН иметь версию, контролируется.
Конечно, в некоторых случаях вы можете создать файл MANIFEST самостоятельно и вообще не полагаться на автогенерацию. В этих случаях вам нужно будет управлять версиями файла манифеста.
Я не сталкивался с какой-либо необходимостью в управлении версиями, но вы можете оставить вопрос открытым для других комментариев, так как у меня также не так много опыта с более сложным построением пакета.