Выберите несколько наблюдений в матрице на основе определенного условия

Question

Я очень новичок в интерфейсе R, но мне нужно использовать программу для запуска соответствующих анализов для моей клинической докторской диссертации. Итак, извиняйтесь заранее, если это новичок.

У меня есть матрица значений бета-метилирования со следующими размерами: 485577x894. Имена строк в матрице относятся к сайтам cpg, которые варьируются в не численном и невозрастном порядке (например, «cg00000029» «cg00000108» «cg00000109» «cg00000165»), в то время как имена столбцов относятся к идентификаторам участников, -немерный и невозрастающий порядок (например, "11209" "14140" "1260" "5414").

Я хотел бы определить, какие значения бета-метилирования составляют> 0,5, чтобы я мог исключить их из дальнейшего анализа. При этом мне нужно, чтобы данные оставались в матричном формате. Все попытки, предпринятые мной для проведения этого анализа, привели к извлечению целочисленных переменных, а не к данным в матричном формате.

Я был бы так благодарен, если бы кто-нибудь мог угодить мне посоветовать код для проведения этого анализа.

Спасибо за ваше время.

Приветствия,

Alicia

Answer 1

set.seed(1)        # so example is reproduceable  
m <- matrix(runif(1000,0,0.6),nrow=100) # 100 rows X 10 cols, data in U[0,0.6] 
m[m>0.5]<-NA       # anything > 0.5 set to NA 
z <- na.omit(m)       # remove all rows with any NA's