Как я могу манипулировать текстовым файлом с помощью сценария оболочки?манипулировать текстом, используя сценарий оболочки?
вход
chr2:98602862-98725768
chr11:3100287-3228869
chr10:3588083-3693494
chr2:44976980-45108665
ожидается выход
2 98602862 98725768
11 3100287 3228869
10 3588083 3693494
2 44976980 45108665
Использование sed Вы можете написать
$ sed 's/chr//; s/[:-]/ /g' file
2 98602862 98725768
11 3100287 3228869
10 3588083 3693494
2 44976980 45108665
Или, может быть, вы могли бы использовать awk
awk -F "chr|[-:]" '{print $2,$3, $4}' file
2 98602862 98725768
11 3100287 3228869
10 3588083 3693494
2 44976980 45108665
Что она делает
-F "chr|[-:]" устанавливает разделители полей в chr или : или -. Теперь вы можете печатать различные поля или столбцы.
Вы также можете использовать другой разделитель полей как -F [^0-9]+, который будет делать что угодно, кроме цифр как разделителей.
Альтернативно, используя awk, разделитель полей может быть '[^ 0-9] +' (т. Е. Один или несколько цифр). –
@TomFenech Хорошая точка. Добавлен ответ. Спасибо за совет :) – nu11p01n73R
Если вы не заботитесь о ведущей пустой знак:
$ tr -s -c '[0-9\n]' ' ' < file
2 98602862 98725768
11 3100287 3228869
10 3588083 3693494
2 44976980 45108665
, что логика здесь? попробуйте описать его таким образом, чтобы иметь смысл, а также обеспечить ваши попытки, так как это кажется довольно простым. – fedorqui