Невозможно использовать dput для data.table в R

Question

Я следующий data.table, для которых я не могу использовать выход из dput команды, чтобы восстановить его:

> ddt 
    Unit Anything index new 
1: A  3.4  1 1 
2: A  6.9  2 1 
3: A1  1.1  1 2 
4: A1  2.2  2 2 
5: B  2.0  1 3 
6: B  3.0  2 3 
> 
> 
> str(ddt) 
Classes ‘data.table’ and 'data.frame': 6 obs. of 4 variables: 
$ Unit : Factor w/ 3 levels "A","A1","B": 1 1 2 2 3 3 
$ Anything: num 3.4 6.9 1.1 2.2 2 3 
$ index : num 1 2 1 2 1 2 
$ new  : int 1 1 2 2 3 3 
- attr(*, ".internal.selfref")=<externalptr> 
- attr(*, "sorted")= chr "Unit" "Anything" 
> 
> 
> dput(ddt) 
structure(list(Unit = structure(c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L), .Label = c("A", 
"A1", "B"), class = "factor"), Anything = c(3.4, 6.9, 1.1, 2.2, 
2, 3), index = c(1, 2, 1, 2, 1, 2), new = c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 
3L)), .Names = c("Unit", "Anything", "index", "new"), row.names = c(NA, 
-6L), class = c("data.table", "data.frame"), .internal.selfref = <pointer: 0x8948f68>, sorted = c("Unit", 
"Anything")) 
> 

На оклейки я получаю следующее сообщение об ошибке:

> dt = structure(list(Unit = structure(c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 3L), .Label = c("A", 
+ "A1", "B"), class = "factor"), Anything = c(3.4, 6.9, 1.1, 2.2, 
+ 2, 3), index = c(1, 2, 1, 2, 1, 2), new = c(1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 
+ 3L)), .Names = c("Unit", "Anything", "index", "new"), row.names = c(NA, 
+ -6L), class = c("data.table", "data.frame"), .internal.selfref = <pointer: 0x8948f68>, sorted = c("Unit", 
Error: unexpected '<' in: 
"3L)), .Names = c("Unit", "Anything", "index", "new"), row.names = c(NA, 
-6L), class = c("data.table", "data.frame"), .internal.selfref = <" 
> "Anything")) 
Error: unexpected ')' in ""Anything")" 

Где проблема и как ее можно исправить? Спасибо за вашу помощь.

Answer 1

Проблема заключается в том, что dput распечатывает внешний адрес указателя (это то, что data.table использует внутренне и будет восстанавливать при необходимости), который вы действительно не можете использовать.

Если вы вручную вырезаете часть .internal.selfref, она будет работать нормально, за исключением одноразовой жалобы от data.table для некоторых операций.

Вы можете добавить FR к data.table, но для этого потребуется изменить базовую функцию от data.table, аналогично тому, как обрабатывается rbind.

Answer 2

Я также нашел это поведение довольно раздражающим. Поэтому я создал свою собственную функцию dput, которая игнорирует атрибут .internal.selfref.

dput <- function (x, file = "", control = c("keepNA", "keepInteger", 
            "showAttributes")) 
{ 
    if (is.character(file)) 
    if (nzchar(file)) { 
     file <- file(file, "wt") 
     on.exit(close(file)) 
    } 
    else file <- stdout() 
    opts <- .deparseOpts(control) 
    # adding these three lines for data.tables 
    if (is.data.table(x)) { 
    setattr(x, '.internal.selfref', NULL) 
    } 
    if (isS4(x)) { 
    clx <- class(x) 
    cat("new(\"", clx, "\"\n", file = file, sep = "") 
    for (n in .slotNames(clx)) { 
     cat(" ,", n, "= ", file = file) 
     dput(slot(x, n), file = file, control = control) 
    } 
    cat(")\n", file = file) 
    invisible() 
    } 
    else .Internal(dput(x, file, opts)) 
} 

Answer 3

Если вы уже dput файл и вы не чувствуете себя так же, как вручную редактировать, прежде чем dget, вы можете использовать следующие

data.table.parse<-function (file = "", n = NULL, text = NULL, prompt = "?", keep.source = getOption("keep.source"), 
          srcfile = NULL, encoding = "unknown") 
{ 
    keep.source <- isTRUE(keep.source) 
    if (!is.null(text)) { 
    if (length(text) == 0L) 
     return(expression()) 
    if (missing(srcfile)) { 
     srcfile <- "<text>" 
     if (keep.source) 
     srcfile <- srcfilecopy(srcfile, text) 
    } 
    file <- stdin() 
    } 
    else { 
    if (is.character(file)) { 
     if (file == "") { 
     file <- stdin() 
     if (missing(srcfile)) 
      srcfile <- "<stdin>" 
     } 
     else { 
     filename <- file 
     file <- file(filename, "r") 
     if (missing(srcfile)) 
      srcfile <- filename 
     if (keep.source) { 
      text <- readLines(file, warn = FALSE) 
      if (!length(text)) 
      text <- "" 
      close(file) 
      file <- stdin() 
      srcfile <- srcfilecopy(filename, text, file.mtime(filename), 
           isFile = TRUE) 
     } 
     else { 
      text <- readLines(file, warn = FALSE) 
      if (!length(text)) { 
      text <- "" 
      } else { 
      text <- gsub("(, .internal.selfref = <pointer: 0x[0-9A-Fa-f]+>)","",text,perl=TRUE) 
      } 
      on.exit(close(file)) 
     } 
     } 
    } 
    } 
    # text <- gsub("(, .internal.selfref = <pointer: 0x[0-9A-F]+>)","",text) 
    .Internal(parse(file, n, text, prompt, srcfile, encoding)) 
} 
data.table.get <- function(file, keep.source = FALSE) 
    eval(data.table.parse(file = file, keep.source = keep.source)) 
dtget <- data.table.get 

затем измените вызовы dget на dtget. Обратите внимание, что из-за встроенного разбора это сделает dtget медленнее, чем dget, поэтому используйте его только в тех случаях, когда вы можете получить объект типа data.table.