2015-08-28 2 views
0

У меня есть 22 файла, хранящихся в моем каталоге. Все файлы alredy bgzipped и have.gz. Я хотел бы проиндексировать каждый файл с помощью tabix и преобразовать все файлы в .tbi. Мне интересен скрипт, который просматривает все мои файлы и выполняет этот процесс, но не объединяет все файлы вместе. Я выполняю этот анализ в командной строке linux.Сценарий оболочки для запуска команды tabix для нескольких файлов

Спасибо за вашу помощь

+0

Вы просто пытаетесь запустить 'tabix' на каждом входном файле? По одному? –

+0

Привет, Etan-yes Я пытаюсь запустить tabix для каждого файла, но я решил, что если у меня есть цикл, который может работать через все 22 файла и сделать их .tbi будет намного проще. –

+0

Что означает «сделать их« .tbi »? Это не работает 'tabix' на них? –

ответ

0

Это должно сделать работу: for f in ./*.vcf.gz; do tabix -p vcf -f $f;done

Смежные вопросы