Слияние различных файлов csv большого размера

Question

Пожалуйста, помогите мне написать код в сочетании нескольких файлов csv в R, используя общее поле во всех файлах (но каждый файл имеет разницу в типах строк, таких как 702, 666 и т. Д.) И для отсутствующих значений мне нужен NA вместо отсутствующих значений.

Для вашего удобства, здесь я показываю, как выглядит отдельный файл, так как здесь я не могу подключить несколько файлов. Я просто вставляю один. имя является общим для всех файлов. Имя файла как его заголовок вместе с его именем столбца.

name projected_leaf_area treatment species  g_alias  replicates 
1 A-2:1 215.209    WW  Chickpea ICCRIL03-0013 2 
2 A-2:2 148.404    WW  Chickpea ICCRIL03-0119 2 
3 A-2:3 206.566    WW  Chickpea ICCRIL03-0007 2 
. .. . . . ... ........ ...... 
. .. . . . ... ........ ...... 
702 B-2:234 242.06    WW  Chickpea ICCRIL03-0143 4 

пожалуйста, помогите мне, чтобы объединить файлы друзей ... спасибо за ваше время ...

Answer 1

Загрузить все файлы с помощью read.csv и merge их вместе с помощью Reduce:

files <- dir(pattern = ".csv") 
d <- lapply(files, read.csv, stringsAsFactors = FALSE) 
for(i in seq_along(d)) { 
    names(d[[i]]) <- paste0(files[i], ".", names(d[[i]])) 
} 
Reduce(function(x,y) merge(x,y,by="name", all=TRUE, sort = FALSE), d) 

Answer 2

file.data <- lapply(file.names, function(fn){read.csv(fn)})  
common.cols <- Reduce('intersect', lapply(file.data, colnames)) 
do.call('rbind', lapply(file.data, function(fd) fd[, common.cols])) 

Игнорировать выложенные выше Попробуйте

mergeall <- function(x, y){merge(x, y, all = TRUE)} 
file.data <- lapply(file.names, function(fn){read.csv(fn)}) 
# example data: 
# file.data[[1]] <- data.frame(id = letters[1:4], val1 = 1:4) 
# file.data[[2]] <- data.frame(id = letters[1:3], val2 = c(1, NA, 2)) 
# file.data[[3]] <- data.frame(id = letters[2:5], val3 = factor(letters[1:4])) 
Reduce('mergeall', file.data) 
# id val1 val2 val3 
# 1 a 1 1 <NA> 
# 2 b 2 NA a 
# 3 c 3 2 b 
# 4 d 4 NA c 
# 5 e NA NA d