Короткий ответ в том, что вы не можете сделать это. Длинный ответ заключается в том, что в документации MySQL на log destinations говорится:
Таблицы журналов могут быть изменены для использования механизма хранения MyISAM. Вы не можете использовать ALTER TABLE для изменения таблицы журналов, которая используется. Сначала журнал должен быть отключен. Никакие двигатели, кроме CSV или MyISAM, не являются законными для таблиц журналов.
Чтобы отключить ведение журнала, чтобы вы могли изменить (или удалить) таблицу журналов, вы можете использовать следующую стратегию. В этом примере используется общий журнал запросов; процедура для медленного журнала запросов аналогична, но использует системную переменную slow_log и системную переменную slow_query_log.
SET @old_log_state = @@global.general_log;
SET GLOBAL general_log = 'OFF';
ALTER TABLE mysql.general_log ENGINE = MyISAM;
SET GLOBAL general_log = @old_log_state;
Очевидно, вы можете попытаться изменить таблицу двигатель InnoDB, чтобы увидеть, если ограничение было снято в версии амазонки, но сделать это только в тестовой среде.