Да, вы можете использовать оба SequenceJS & Bootstrap без конфликтов.
Некоторые важные вещи, которые нужно иметь в виду:
включают правильную версию JQuery - вам нужно включить JQuery V 1.9.0 или 1.9.1, так как минимальная Bootstrap 3 поддерживает 1,9. 0, а максимальная поддержка SequenceJS - 1.9.1. (см. https://github.com/twbs/bootstrap/blob/v3.2.0/bower.json & http://www.sequencejs.com/developers/documentation/#add-files соответственно).
закажите свои библиотеки javascript в правильном порядке (jQuery, затем Bootstrap, затем SequenceJS).
Вот jsfiddle, который демонстрирует две комбинированные библиотеки - http://jsfiddle.net/bzelip/keu606ed/.
Я создал его с помощью шаблона Bootstrap Jumbotron & Параллакс. Тема последовательности. В bootstrap html я заменил строку тремя столбцами ниже jumbotron на строку с одним полным столбцом, в который я вставил html из темы Parallax Sequence. Затем я объединил css из обоих источников, связанный с требуемыми javascripts, и вставлял содержимое скрипта, включенного в тему Parallax Sequence под названием sequencejs-options.sliding-horizontal-parallax.js
.