Spark SQL не поддерживает DELETE.
Если число идентификаторов удаляемого мало, вы можете сделать это с помощью драйвера Кассандры, а не через Spark:
import scala.collection.JavaConverters._
import scala.collection.JavaConversions._
import com.datastax.driver.core.{Cluster, Session, BatchStatement}
import com.datastax.driver.core.querybuilder.QueryBuilder
val cluster = Cluster.builder().addContactPoint(host_ip).build()
val session = cluster.connect(keyspace)
val idsToDelete = ... // perform your query and collect the ids
val queries = idsToDelete.map({ id => QueryBuilder.delete().from(keyspace, table).where(QueryBuilder.eq("id", id)) })
val batch = batchStatement().addAll(queries.asJava)
session.execute(batch)
cluster.close