Настройка R_LIBS & избежание «Вместо этого вы хотите использовать личную библиотеку?»

Question

Моя личная библиотека установлена ​​как R_LIBS = ~/.R/lib в ~/.Renviron. Это работает отлично, когда я устанавливаю пакеты из rstudio. При попытке установки новых пакетов из обычной сессии R консоли, она всегда спрашивает меня:

Would you like to use a personal library instead? (y/n) y 
Would you like to create a personal library 
~/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1 
to install packages into? (y/n) n 

Когда я делаю обновление от сеанса консоли, существующих пакеты в ~/.r/Lib (ранее установленный из rstudio) является обновлено без проблем. Если в/usr есть глобальные пакеты, которые также нуждаются в обновлении, R снова спрашивает, хочу ли я создать файл ~/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1.

Я пробовал несколько конфигураций и не нашел способа обойти это.

Проконсультируйтесь?

Answer 1

Да, я всегда отключаю его на системах, которые я использую, и даже стараюсь не использовать его в пакете Debian, который я поддерживаю. В Debian используется

/usr/lib/R/library     for core R packages shipping with R 
/usr/lib/R/site-library    for r-cran-* packages from the distro 
/usr/local/lib/R/site-library  for what the user installs from CRAN 

с соответствующим упорядочением:

R> .libPaths() 
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" \ 
    "/usr/lib/R/library"   
R> 

и я делаю это, комментируя это из

#R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1'} 
#R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Library/R/3.1/library'} 

# edd Apr 2003 Allow local install in /usr/local, also add a directory for 
#    Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir 
# edd Jul 2007 Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS 
R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\ 
          /usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'} 

, и я думаю, что я должен обновить свой патч в Debian упаковка ...