R: Базовые функции не могут использовать объект из пакета Caper

Question

Я выполняю филогенетический анализ с использованием пакета caper, где функция регрессии (которая использует независимые от филогенетики контрасты) - crunch. Функция crunch использует объект, внутренний для пакета caper, который называется caic.

модель запускается с помощью:

crunchMod <- crunch(y ~ f(x), data = comparison) 

Когда я бегу summary(crunchMod) я даюсь формат, идентичный резюме, полученного от функции lm().

Однако, в попытке начать проверки модельных предположений, введя rstandard(crunchMod), я получаю следующее сообщение об ошибке:

Error in UseMethod("rstandard") : 
no applicable method for 'rstandard' applied to an object of class "caic" 

Чтения через http://cran.r-project.org/web/packages/caper/vignettes/caper.pdf на страницах 19-20, я считаю, что plot(crunchMod) использует оболочку, чтобы включить проверка допущений регрессии. Тем не менее, эти графические проверяет:

residuals vs Fitted values 
standardized residuals vs theoretical quantities [QQ plot] 
sqrt(standardized residuals) vs fitted values [Scale-location] 
standardized residuals vs leverage). 

Кто-нибудь знает, как получить доступ к стандартизованным остаткам, используя свою собственную оболочку, или позвольте мне получить доступ р-значение вместо графических изображений?

Answer 1

Это один довольно простой, но только после того, объезжая в кругах на некоторое время с тем, что второй if() заявление в crunch(). Глядя на методе сводном для caic, это просто подмножество всей сводки/модели

> summary.caic 
function (object, ...) 
{ 
    summary(object$mod, ...) 
} 
<environment: namespace:caper> 

Вы можете увидеть имена всей модели шоу, есть полезная статистика в остальной части.

names(summary(crunchMod)) 
# [1] "call"   "terms"   "residuals"  "coefficients" 
# [5] "aliased"  "sigma"   "df"   "r.squared"  
# [9] "adj.r.squared" "fstatistic" "cov.unscaled" 

Обратите внимание, что только секция mod наследует от lm() Вы можете проверить все Наследование из crunchMod объектов с

> sapply(crunchMod, is) 
$contrast.data 
[1] "list" "vector" 

$mod 
[1] "lm"  "oldClass" 

$data 
[1] "comparative.data"