У меня есть список длиной 130 000, где каждый элемент является символьным вектором длины 110. Я хотел бы преобразовать этот список в матрицу размером 1,430,000 * 10. Как я могу сделать это более эффективно? Мой код:Как преобразовать список в матрицу более эффективно в R?
output=NULL
for(i in 1:length(z)) output=rbind(output,matrix(z[[i]],ncol=10,byrow=T))
Это должно быть эквивалентно текущему коду, только намного быстрее:
output <- matrix(unlist(z), ncol = 10, byrow = TRUE)
Бинго. Это должно быть намного быстрее, чем мое решение, но я не мог думать об этом достаточно быстро. –
+1, но я бы рекомендовал установить 'USE.NAMES = FALSE' в' unlist', чтобы сэкономить время и память. –
Это должно быть 'use.names' (т. Е. В нижнем регистре). –
Это помогло бы иметь образец информации о вашей продукции. Рекурсивно с использованием rbind на больших и больших вещах не рекомендуется. Моя первая догадка на что-то, что помогло бы вам:
z <- list(1:3,4:6,7:9)
do.call(rbind,z)
См a related question для большей эффективности, если это необходимо.
Я думаю вы хотите
output <- do.call(rbind,lapply(z,matrix,ncol=10,byrow=TRUE))
т.е. объединение @ использование BlueMagister о do.call(rbind,...) с lapply заявления, чтобы преобразовать отдельные элементы списка в 11 * 10 матриц ...
контрольных показателей (показывая @ Решение flockel unlist в 5 раз быстрее, чем мое, и в 230 раз быстрее, чем исходный подход ...)
n <- 1000
z <- replicate(n,matrix(1:110,ncol=10,byrow=TRUE),simplify=FALSE)
library(rbenchmark)
origfn <- function(z) {
output <- NULL
for(i in 1:length(z))
output<- rbind(output,matrix(z[[i]],ncol=10,byrow=TRUE))
}
rbindfn <- function(z) do.call(rbind,lapply(z,matrix,ncol=10,byrow=TRUE))
unlistfn <- function(z) matrix(unlist(z), ncol = 10, byrow = TRUE)
## test replications elapsed relative user.self sys.self
## 1 origfn(z) 100 36.467 230.804 34.834 1.540
## 2 rbindfn(z) 100 0.713 4.513 0.708 0.012
## 3 unlistfn(z) 100 0.158 1.000 0.144 0.008
Если этот весы соответствующим образом (т.е. вы не сталкиваетесь с проблемами памяти), полная проблема займет около 130 * 0,2 секунды = 26 секунд на сопоставимой машине (я сделал это на двухлетнем MacBook Pro).
Это волшебство! Это занимает около 20 секунд, чтобы сделать это на моей однолетней машине toshiba, что экономит мне много времени. И очень интересна ваша функция, чтобы показать время выполнения. – user1787675
вы можете использовать as.matrix, как показано ниже:
output <- as.matrix(z)
Если вы хотите, размеры быть 1430000 * 11 почему вы устанавливаете ncol как 10? – Dason
Подождите, когда вы говорите, что каждая запись имеет 11 символов, вы имеете в виду, что это вектор с 11 элементами? Первоначально я думал, что каждая из них содержит строку с 11 символами. Вы можете показать 'z [1: 2]' в качестве примера? –
Спасибо Дасону и Дэвиду! Это опечатка. Я исправил это. – user1787675