Возможно, что кадр в картотеку просто скопировал информацию из исходного файла, но редактирование или изменение видео файлов может легко привести к снижению качества или кадров в секунду. Это просто означает, что это немного неточно.
Также вероятно, что они используют разные методы для измерения fps и не всегда возвращают те же результаты. Это будет всего лишь способ вещей, и вы ничего не можете с этим поделать.
Чтобы предотвратить это, вам нужно будет играть с настройками ffmpeg и повышать качество и битрейт, что приведет к увеличению размера файла.
Это также может помочь с дополнительной информацией: http://www.mediacollege.com/video/editing/faq/quality.html
Какие технологии вы используете? Как вы показываете видео? Это вопрос программирования вообще? – Randy