Сохранение вывода нескольких файлов bash

Question

У меня есть серия каталогов, обозначенная species в коде ниже. Я хочу запустить ряд команд по файлам в каждом каталоге, а затем сохранить вывод как один файл в соответствующем каталоге. Со следующим кодом я могу сохранить только выходные данные для последнего каталога. Мне было интересно, как я могу решить эту проблему? Благодаря!

for dir in ${Addr1}/*/*_files/seq* 
do 
    species=`echo $dir | cut -f8 -d"/"` 
    chr=`echo $dir | cut -f10 -d"/"` 
    echo -n -e "${chr} \t"; ./script.py ${Addr1}/${species}/${species}_files/$chr 
done > ${Addr1}/${species}/${species}_estimated 

Answer 1

У вас есть логическая проблема:

for dir in ${Addr1}/*/*_files/seq* 
do 
    species=`echo $dir | cut -f8 -d"/"` 
    # ... 
done > ${Addr1}/${species}/${species}_estimated 

Проблема заключается в том, что вы присвоить значение species только внутри цикла, но выходной файл, указанный в конце должен быть открыт, когда цикл начинается.

Вместо этого, попробуйте следующее:

for dir in ${Addr1}/*/*_files/seq* 
do 
    species=`echo $dir | cut -f8 -d"/"` 
    chr=`echo $dir | cut -f10 -d"/"` 
    { 
     echo -n -e "${chr} \t"; 
     ./script.py ${Addr1}/${species}/${species}_files/$chr; 
    } >> ${Addr1}/${species}/${species}_estimated 
done 

Теперь, когда выходной файл открыт, переменная species правильно установлена. Каждый выходной файл будет закрыт, а следующий будет открыт в течение каждой итерации цикла.