Согласованное удаление узлов из grid_2d_graph

Question

Скажите, что у меня есть регулярный граф сетки 2d G, сделанный из NxN=100x100 узлов. Я создаю такую ​​сеть по телефону:

N=100 
G=nx.grid_2d_graph(N,N) 
pos = dict((n, n) for n in G.nodes()) #Dictionary of all positions 
labels = dict(((i, j), i + (N-1-j) * N) for i, j in G.nodes()) 
nx.draw_networkx(G, pos=pos, labels=labels,with_labels=False, node_size=10) 

и я получаю результат, аналогичный тому, который показан в левой части этой картины:

Теперь, говорят, что моя сеть испытывает разрушительное событие, которое приводит к сбою нескольких узлов (правая часть изображения). Мой график G больше не состоит из того же числа узлов: граф G2 теперь имеет K<NxN узлов. Учитывая этот случай, я хочу, чтобы иметь возможность рисовать G2 по телефону:

G2=G.remove_nodes_from(failed_nodes_dict) #Failed_node_dict holds the disrupted nodes 
nx.draw_networkx(G2, pos=pos, labels=labels,with_labels=False, node_size=10) 

Мой вопрос. Как это сделать, чтобы убедиться, что словарь позиций pos не изменен? Это означает: если узел 0 находится в положении (0,0) (вверху слева) в ситуации 1) и он не терпит неудачу, то он должен появиться в том же положении, в ситуации 2). Таким образом, две сети могут быть сопоставимы, поскольку вторая - это просто «преобразование» первого. Спасибо!

Answer 1

Я попытался понять, почему вы задавали этот вопрос - код должен работать в точности так, как вы хотите. Однако у вас есть ошибка, которая может заставлять вас задавать этот вопрос.

G2= G.remove_nodes_from(failed_nodes_dict) #Failed_node_dict holds the disrupted nodes 

Это сделает G2 быть None. G.remove_nodes_from(L) удаляет узлы в L от G. Он не создает новый график, который выглядит как G, но без этих узлов. Так что он ничего не возвращает. Из-за этого G2 не получает никакого значения. На графике G удалены эти узлы.

Так должно работать:

N=100 
G=nx.grid_2d_graph(N,N) 
pos = dict((n, n) for n in G.nodes()) #Dictionary of all positions 
labels = dict(((i, j), i + (N-1-j) * N) for i, j in G.nodes()) 
nx.draw_networkx(G, pos=pos, labels=labels,with_labels=False, node_size=10) 

#find failed nodes here 

G.remove_nodes_from(failed_nodes_dict) #Failed_node_dict holds the disrupted nodes 
nx.draw_networkx(G, pos=pos, labels=labels,with_labels=False, node_size=10) 

pos никогда не изменяется в этом коде.

Answer 2

Вы можете сделать это, перебирая узлы из (i, j) в числа, которые вы видите на рисунках из словаря. Затем удалите неудавшиеся узлы. Наконец, отрегулируйте словарь pos для сопоставления позиций с новыми метками узлов, просто изменив словарный словарь. Вот то, что я добавил после кода:

nx.relabel_nodes(G,labels,False) 
G.remove_nodes_from([0,4,12,18])    
pos = {y:x for x,y in labels.iteritems()} 
nx.draw_networkx(G, pos=pos, with_labels=True, node_size = 300) 

для п = 5 и не узлы [0,4,12,18], вот результаты, которые я получил до (слева) и после (справа) не удаляются узлы.

Answer 3

Я бы немного ответил на вопрос @AbdallahSobehy. Однако для более общей повторной обработки графиков networkx я бы предложил хранить информацию о позиции и метке внутри структуры графика, а не в отдельных контейнерах.

Начиная с уменьшенной версии вашего графика (для N = 5):

N = 5 
G = nx.grid_2d_graph(N,N) 
pos = dict((n, n) for n in G.nodes()) 
labels = dict(((i, j), i + (N-1-j) * N) for i, j in G.nodes()) 

можно хранить pos и label словарей в качестве атрибутов графа:

nx.set_node_attributes(G, 'pos', pos) 
nx.set_node_attributes(G, 'labels', labels) 

и использовать их для ploting:

nx.draw_networkx(G, pos=nx.get_node_attributes(G, 'pos'), 
       labels=nx.get_node_attributes(G, 'labels'), 
       with_labels=True, node_size=500) 

Вы можете позже perfom любой операции на графике, например, удаление некоторых узлов:

G.remove_nodes_from([(0,0),(0,2),(2,2),(2,1)]) 

И Replot график фактически не нуждаясь пересчитывать pos или label словарей, так как записи автоматически обновляются с графа. Следующая строка точно так же, как вызов участка выше:

nx.draw_networkx(G, pos=nx.get_node_attributes(G, 'pos'),  
       labels=nx.get_node_attributes(G, 'labels'), 
       with_labels=True, node_size=500) 

Но на этот раз, дает другое изображение:

Короче: хранить все, что вы можете в узел краевых атрибутов/, так как они будут автоматически обновляться с изменениями графика.