OpenMPI: Я хочу прочитать файл на корневом узле и отправить содержимое этого файла всем остальным узлам. я обнаружил, что MPI_Bcast делает это:Отправить динамический массив с динамическим размером с помощью MPI_Bcast
int MPI_Bcast(void *buffer, int count, MPI_Datatype datatype,
int root, MPI_Comm comm)
Все примеры, которые я нашел имеют значение count
уже известно, но в моем случае, значение счетчика в основном известна на корню. Другие examples говорят, что один и тот же вызов MPI_Bcast извлекает данные на других узлах.
Я добавил это:
typedef short Descriptor[128];
MPI_Datatype descriptorType;
MPI_Type_contiguous(sizeof(Descriptor), MPI_SHORT, &descriptorType);
MPI_Type_commit(&descriptorType);
if(world_rank == 0) {
struct stat finfo;
if(stat(argv[1], &finfo) == 0) {
querySize = finfo.st_size/sizeof(Descriptor);
}
{
//read binary query
queryDescriptors = new Descriptor[querySize];
fstream qFile(argv[1], ios::in | ios::binary);
qFile.read((char*)queryDescriptors, querySize*sizeof(Descriptor));
qFile.close();
}
}
MPI_Bcast((void*)&querySize, 1, MPI_INT, 0, MPI_COMM_WORLD);
if (world_rank != 0)
{
queryDescriptors = new Descriptor[querySize];
}
MPI_Bcast((void*)queryDescriptors, querySize, descriptorType, 0, MPI_COMM_WORLD);
Когда я называю это так: mpirun -np 2 ./mpi_hello_world
он работает нормально, но когда я называю его с более чем , я получаю это:
mpi_hello_world: malloc.c:3096: sYSMALLOc: Assertion `(old_top == (((mbinptr) (((char *) &((av)->bins[((1) - 1) * 2])) - __builtin_offsetof (struct malloc_chunk, fd)))) && old_size == 0) || ((unsigned long) (old_size) >= (unsigned long)((((__builtin_offsetof (struct malloc_chunk, fd_nextsize))+((2 * (sizeof(size_t))) - 1)) & ~((2 * (sizeof(size_t))) - 1))) && ((old_top)->size & 0x1) && ((unsigned long)old_end & pagemask) == 0)' failed.
mpi_hello_world: malloc.c:3096: sYSMALLOc: Assertion `(old_top == (((mbinptr) (((char *) &((av)->bins[((1) - 1) * 2])) - __builtin_offsetof (struct malloc_chunk, fd)))) && old_size == 0) || ((unsigned long) (old_size) >= (unsigned long)((((__builtin_offsetof (struct malloc_chunk, fd_nextsize))+((2 * (sizeof(size_t))) - 1)) & ~((2 * (sizeof(size_t))) - 1))) && ((old_top)->size & 0x1) && ((unsigned long)old_end & pagemask) == 0)' failed.
Так выпустить два передач, первые с графом, вторыми с содержимым буфера. –
Вы правы, это решение. Мне было интересно, есть ли в MPI механизм для таких ситуаций. – AlexandruC
Не то, что я знаю, но мой MPI становится немного ржавым. –