Rcpp: Вызов функции C из пакета в Rcpp

Question

Я хотел бы написать функцию C++ с Rcpp, которая использует функциюC найдено в пакете hypred, который находится на CRAN here.

Я читал using C function from other package in Rcpp, но не понимаю, применимо ли это для меня, и если это применимо, что делать.

Желаемая функция находится в исходном файле /src/hypredRoutines.c и называется meiosisFUNAllChr.

То, что я до сих пор так и на основе этого SO вопроса here является:

1. Я отделил функцию meiosisFUNAllChr от остальной части коды и поместил его в новом файле с именем meiosisFUNAllChr.c.

2. Я создал файл заголовка с именем meiosisFUNAllChr.h содержащий:

   #ifndef MEIOSISFUNALLCHR_H 
   #define MEIOSISFUNALLCHR_H 
   void meiosisFUNallChr (...); 
   #endif 
   

3. Составитель его

   gcc -c -o meiosisFUNAllChr.o meiosisFUNAllChr.c 
   

4. Создано фиктивной Си ++

   #include <Rcpp.h> 
   using namespace Rcpp; 
   
   extern "C" { 
   #include "meiosisFUNallChr.h" 
   } 
   
   // [[Rcpp::export]] 
   int timesTwo(int x) { 
   return x * 2; 
   } 
   

На этом этапе компиляция с sourceCpp не работает. Можете ли вы показать мне, как заставить его работать?

Большое спасибо!

EDIT

Компиляция с sourceCpp дает мне:

meiosisFUNallChr.h: file or directory not found 

Answer 1

Кратко:

• Вы хотите использовать другой исходный файл (предположительно доступный при подходящей лицензии).

• Вы хотите назвать это из своего нового файла.

• У вас уже есть два файла.

В настоящее время колокола тревоги должен погаснуть, что вы действительно, действительно, хотите создать пакет.

Какая информация о документации Rcpp находится в many мест. И есть еще 340 пакетов на CRAN с использованием Rcpp, многие из которых делают эту проблему с вызовом C-файла.Выберите один или два, изучите их структуру; также выберите один или два, созданные полностью задокументированными инструментами Rcpp, такими как Rcpp.package.skeleton(), и все должно стать намного яснее.

Редактировать: Очевидно, что этот подход требуется только в том случае, если другой пакет не экспортирует свою функцию. Если вы можете получить его автора для экспорта, используйте это как упоминание в ответе Ромен. Пары пакетов, экспорт/использование являются зоопарк/XTS, XTS/RcppXts, expm/RcppKalman (не на CRAN), RApiSerialize/RcppRedis, ...

Answer 2

hypred регистрирует свои две функции, на уровне R вы можете разживаться от одного вы хотите, как это:

xp <- getDLLRegisteredRoutines(getLoadedDLLs()[["hypred"]])[[".C"]][["meiosisFUNallChr"]]$address 

Я считаю, то вы можете получить доступ к указателю на функцию в C++, как это:

DL_FUNC meiosisFUNallChr = reinterpret_cast<DL_FUNC>(R_ExternalPtrAddr(xp)) ; 

Но вы бы лучше вести переговоры с авторами пакета, что они внесите this scheme, если вы можете сделать случай, необходимо вызвать функцию C напрямую.