ошибка сегментации с SIFT

Question

Я пытаюсь расшифровать, почему я получаю ошибку сегментации при попытке использовать SIFT.

Я использую тестовый файл fasta и файл подстановки, который они предоставляют. Я использую базу данных swissport, которую я могу успешно выполнить BLAST против моей системы.

Вот что я получаю при попытке использовать просеять:

arron@arron-Ideapad-Z570 ~/Phd/programs/sift4.0.3b $ bin/SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh test/lacI.fasta db/swissprot.fa test/lacI.subst 2.75 
tail is lacI.fasta 
query is /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.fasta.query 
query length 360 
entered read_psiblastuntillat 
Segmentation fault 
tell me i've entered 
info_on_seqs 
fawegwa 
cannot open file /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.alignedfasta 
Output in /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.SIFTprediction 

Я пытался в течение последних двух часов, чтобы найти исходный код, в котором обрабатывается ошибка, но я не увенчался успехом. Кто-нибудь имеет опыт работы с ошибками сегментации SIFT или может указать мне исходный код, чтобы я мог видеть, что происходит не так?

Большое спасибо.

Answer 1

Есть ли причина, по которой вы используете такую ​​старую версию SIFT? Я думаю, что последняя версия - 5.2.1, где вы, кажется, используете 4.0.3b

Я предполагаю, что вы используете более новую версию Blast, которая несовместима со старой версией SIFT.

Примечания к выпуску 5.2 сита говорят:

SIFT 5.2.0 выпущен. Кодекс был обновлен, чтобы быть совместимым с более поздними версиями BLAST (проверено на 2.2.28+)

Так что я либо предлагаю использовать новую версию просейте или старую версию взрыва и увидеть, если это фиксирует вещи.