Отсутствующие подсказки дерева при планировании фенограммы

Когда я генерирую фенограмму с использованием пакета phytools, подсказки и метки меток деревьев не отображаются. Есть ли у кого-нибудь идеи о том, как это исправить, или о другом способе построения фенограммы с узлами и кончиками с осью y, построенной по значению рассматриваемого признака?Отсутствующие подсказки дерева при планировании фенограммы

Вот что у меня есть:

midpointData <- 
structure(list(Species = structure(1:6, .Label = c("Icterus_croconotus", 
"Icterus_graceannae", "Icterus_icterus", "Icterus_jamacaii", 
"Icterus_mesomelas", "Icterus_pectoralis"), class = "factor"), 
    bio_1nam = c(243L, 193L, 225L, 209L, 189L, 180L), bio_12nam = c(5127.5, 
    751.5, 1373, 914.5, 4043.5, 2623.5), bio_16nam = c(1470.5, 
    442, 656.5, 542, 1392.5, 1074), bio_17nam = c(1094.5, 51.5, 
    135, 189.5, 768.5, 377.5), bio_2nam = c(97.5, 91.5, 83, 82.5, 
    81, 102), bio_5nam = c(314, 265.5, 311, 274, 282, 281), bio_6nam = c(167.5, 
    132.5, 175.5, 154.5, 128, 114)), .Names = c("Species", "bio_1nam", 
"bio_12nam", "bio_16nam", "bio_17nam", "bio_2nam", "bio_5nam", 
"bio_6nam"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -6L)) 

prunedTargetTree <- 
structure(list(edge = structure(c(7L, 7L, 8L, 9L, 9L, 8L, 10L, 
11L, 11L, 10L, 1L, 8L, 9L, 2L, 3L, 10L, 11L, 4L, 5L, 6L), .Dim = c(10L, 
2L)), Nnode = 5L, tip.label = c("Icterus_mesomelas", "Icterus_pectoralis", 
"Icterus_graceannae", "Icterus_croconotus", "Icterus_icterus", 
"Icterus_jamacaii"), edge.length = c(0.152443952069696, 0.014866140819964, 
0.0311847312922788, 0.106393079957453, 0.106393079957453, 0.0727572150872864, 
0.0130293222294024, 0.0517912739330428, 0.0517912739330428, 0.0648205961624452 
)), .Names = c("edge", "Nnode", "tip.label", "edge.length"), class = "phylo", order = "cladewise") 

library(phytools) 
reconBio1 <- ace(midpointData$bio_1nam, prunedTargetTree, type = "continuous", method = "ML") 
bio1final <- c(reconBio1$ace, midpointData$bio_1nam) 
names(bio1final) <- c(7,8,9,10,11,4,3,5,6,1,2) 
plot.new() 
phenogram(prunedTargetTree, bio1final, ylim = c(min(bio1final), max(bio1final)))

Вот что дерево выглядит следующим образом: TreeWithoutTips

источник

2014-01-18 Hannah O.

У меня возникли проблемы с пониманием того, как «биолфинал» представляет собой «вектор, содержащий состояния на кончиках или состояниях во всех подсказках и внутренних узлах дерева». –

Насколько я понимаю, каждый узел или кончик дерева, обрезанныйTargetTree, имеет число. Названия каждого объекта в bi1final соответствуют этим узлам или подсказкам. Число, связанное с этим именем, - это состояние символа на этом узле. Разве это не так? –

Рассуждение по аналогии с обработанным примером на странице справки. мне показалось, что слово «состояния» в этом пакете относится к именам, и я ожидал, что вектор будет «символом», а не «числовым». (Я не являюсь пользователем этого пакета и не испытываю в этом домене, поэтому на данный момент я думаю, что было бы полезно предоставить код и данные, которые создавали эти объекты, а не выводить их из космоса и ожидать, что все будет подходить друг другу.) –

Я решил эту проблему, но хотел бы разделить решение в случае других работать с той же проблемой. pheonogram() ищет имена в аргументе x (aka bio1final), которые соответствуют prunedTargetTree $ tip.label, а не числовому индексу наконечника. Вместо того, чтобы:

bio1final <- c(reconBio1$ace, midpointData$bio_1nam); 
names(bio1final) <- c(7,8,9,10,11,4,3,5,6,1,2)

следует читать:

bio1final <- c(reconBio1$ace, midpointData$bio_1nam); 
names(bio1final) <- c(7,8,9,10,11,as.character(midpointData$Species))

** as.character имеет важное значение, так как в противном случае $ Видовой читается как фактор, а кончики дерева еще не будет сюжет.

источник

2014-01-20 04:43:39

Отсутствующие подсказки дерева при планировании фенограммы

ответ

Смежные вопросы