У меня есть логистическая регрессия для оценки успеха гнездования, вы найдете некоторые данные в этой ссылке:Извлечения коэффициентов из логистической регрессии с циклом
https://www.dropbox.com/s/okp2iudnace6fha/data1.csv?dl=0
Все мой объясняющие переменные являются непрерывным, чтобы получить линейный тренд , Я хочу, чтобы проанализировать, есть ли изменения с течением времени на сезонные колебания выживания гнезда:
год (как 0,1,2,3 ...)
прокладки даты (LD)
NestAge
Это моя модель:
glm(survive~LD+yr+yr^2+LD:yr+LD:yr^2+NestAge,family=binomial(link=logexp(data1$exposure)), data=data1)
Это разоблачение ссылка Я использую:
library(MASS)
logexp <- function(exposure = 1)
{
linkfun <- function(mu) qlogis(mu^(1/exposure))
## FIXME: is there some trick we can play here to allow
## evaluation in the context of the 'data' argument?
linkinv <- function(eta) plogis(eta)^exposure
mu.eta <- function(eta) exposure * plogis(eta)^(exposure-1) *
.Call(stats:::C_logit_mu_eta, eta, PACKAGE = "stats")
valideta <- function(eta) TRUE
link <- paste("logexp(", deparse(substitute(exposure)), ")",
sep="")
structure(list(linkfun = linkfun, linkinv = linkinv,
mu.eta = mu.eta, valideta = valideta,
name = link),
class = "link-glm")
}
Чтобы получить коэффициенты, я создал цикл, который извлекает, но он не работает.
a<-as.matrix(coef(model))
intercept<-a[1,]
slope<-a[2,]
for (i in 1:6) {
i<-as.numeric(i)
sub<-subset(data1,data1$yr==i)
g<- intercept + slope*sub$yr[i]
dsr <-exp(g)/ (1+ exp(g))
}
Не могли бы вы помочь мне исправить это? Заранее спасибо.
что является Yra со ссылкой на в строке: 'суб <-подмножество (data1, data1 $ Yra == я)'? Это не одна из переменных данных1. –
Также вы зацикливаете i 26 раз, когда ни одна из переменных в наборе данных не состоит из 26 уровней фактора. Проверено с помощью 'sapply (имена (data1), function (x) table (data1 [, x])%>% length)', который дает уровни для года, гнезда, yr, выдержки, выживания, судьбы, LD и NestAge как длины 6, 699, 6, 30, 2, 2, 33, 33. –
Это правда! Простите, спасибо, что рассказала мне, я уже редактировал свой код. Это было 26, потому что это полный набор данных (я хочу сохранить пример данных в своем Dropbox). – MSS