Как перебрать GraphML файл с LXML

Question

У меня есть следующий GraphML файл «mygraph.gml», что я хочу, чтобы разобрать с помощью простого питона сценария:

Это представляет собой простой граф с 2 узлами «NODE0», " узел1" и ребро между ними

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> 
<graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns" 
     xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" 
     xsi:schemaLocation="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns 
     http://graphml.graphdrawing.org/xmlns/1.0/graphml.xsd"> 
    <key id="name" for="node" attr.name="name" attr.type="string"/> 
    <key id="weight" for="edge" attr.name="weight" attr.type="double"/> 
    <graph id="G" edgedefault="directed"> 
    <node id="n0"> 
     <data key="name">node1</data> 
    </node> 
    <node id="n1"> 
     <data key="name">node2</data> 
    </node> 
<edge source="n1" target="n0"> 
    <data key="weight">1</data> 
</edge> 
    </graph> 
</graphml> 

Это представляет собой график с двумя узлами n0 и n1 с ребром веса 1 между ними. Я хочу проанализировать эту структуру с помощью python.

Я написал сценарий с помощью LXML (мне нужно использовать его, потому что набор данных в гораздо гораздо больше, чем этот простой пример, более чем 10^5 узлов, питон minidom слишком медленно)

import lxml.etree as et 

tree = et.parse('mygraph.gml') 

root = tree.getroot() 

graphml = { 
"graph": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}graph", 
"node": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}node", 
"edge": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}edge", 
"data": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data", 
"label": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='label']", 
"x": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='x']", 
"y": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='y']", 
"size": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='size']", 
"r": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='r']", 
"g": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='g']", 
"b": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='b']", 
"weight": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='weight']", 
"edgeid": "{http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}data[@key='edgeid']" 
} 

graph = tree.find(graphml.get("graph")) 
nodes = graph.findall(graphml.get("node")) 
edges = graph.findall(graphml.get("edge")) 

Этот скрипт получает правильно узлы и ребра, так что я могу просто перебирать их

for n in nodes: 
    print n.attrib 

или аналогичным образом по краям:

for e in edges: 
    print (e.attrib['source'], e.attrib['target']) 

, но я не могу понять, как получить тег «data» для ребер или узлов, чтобы напечатать вес края и тег «name».

Это не работает для меня:

weights = graph.findall(graphml.get("weight")) 

последний список всегда пуст. Зачем? Мне что-то не хватает, но я не могу понять.

Answer 1

Вы не можете сделать это за один проход, но для каждого найденного узла, вы можете построить Dict с ключом/значением данных:

graph = tree.find(graphml.get("graph")) 
nodes = graph.findall(graphml.get("node")) 
edges = graph.findall(graphml.get("edge")) 

for node in nodes + edges: 
    attribs = {} 
    for data in node.findall(graphml.get('data')): 
     attribs[data.get('key')] = data.text 
    print 'Node', node, 'have', attribs 

Это даст результат:

Node <Element {http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}node at 0x7ff053d3e5a0> have {'name': 'node1'} 
Node <Element {http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}node at 0x7ff053d3e5f0> have {'name': 'node2'} 
Node <Element {http://graphml.graphdrawing.org/xmlns}edge at 0x7ff053d3e640> have {'weight': '1'}