Как конвертировать * .mha файл в * .nii файл в Python (без использования MedPy) или C?

Question

Я хочу обработать *.mha файл в Python. Но для этого требуется пакет MedPy, который зависит от пакета ITK. В настоящее время у меня проблемы с установкой пакета ITK. Я думал о том, есть ли способ конвертировать файл *.mha в файл *.nii (используя какой-либо другой способ, может быть C++), потому что я могу использовать Python для чтения файла *.nii. Любые ссылки, связанные с этим, приветствуются.

Answer 1

Другой способ решения этой проблемы - установить изображение sci-kit и simpleitk.

Это не требует никакого строительства из источника или упаковки ITK и позволяет читать файлы MHA и записывать в формат NIFTI.

pip install scikit-image 
pip install SimpleITK or easy_install -U SimpleITK 

С этим устанавливается, если выполнить следующий код это должно работать

import skimage.io as io 

path = 'C:/test.mha' #path to your MHA file 
outpath = 'C:/test.nii' 

img = io.imread(path,plugin='simpleitk') 
io.imsave('outpath',img,plugin='simpleitk') 

Answer 2

Вы можете установить SimpleITK в Python и использовать его, чтобы сделать преобразование. Например,

import SimpleITK as sitk 

root_path = '/path/to/image' 
nii_path = root_path + '/data.nii' . 
mha_path = root_path + '/data.mha' 

img = sitk.ReadImage(nii_path) 
sitk.WriteImage(img, mha_path)