количество подключенных узлов к определенным узлам в пути

Question

У меня есть запрос на шифр (ниже). Это работает, но мне было интересно, есть ли более элегантный способ написать это.

На основании данного стартового узла, запрос пытается:

1. Найдите следующий шаблон/мотив: (inputko)-->(:cpd)-->(ko2:ko)-->(:cpd)-->(ko3:ko).

2. Foreach мотивы/шаблоны найдены, найти подключенные узлы с метками contigs, для следующих узлов в схеме: [inputko, ko2, ko3].

3. Краткое описание трех узлов и их подключенных коннигов, т.е. имя свойства .ko из 3 узлов и количество подключенных :contig узлов в каждом из найденных мотивов (inputko)-->(:cpd)-->(ko2:ko)-->(:cpd)-->(ko3:ko).

   +--------------------------------------------------------------------------+ 
   | KO1   | KO1count | KO2   | KO2count | KO3   | KO3count | 
   +--------------------------------------------------------------------------+ 
   | "ko:K00001" | 102  | "ko:K14029" | 512  | "ko:K03736" | 15  | 
   | "ko:K00001" | 102  | "ko:K00128" | 792  | "ko:K12972" | 7  | 
   | "ko:K00001" | 102  | "ko:K00128" | 396  | "ko:K01624" | 265  | 
   | "ko:K00001" | 102  | "ko:K03735" | 448  | "ko:K00138" | 33  | 
   | "ko:K00001" | 102  | "ko:K14029" | 512  | "ko:K15228" | 24  | 
   +--------------------------------------------------------------------------+ 
   

Я озадачен синтаксис для работы на каждом матче. Из документации оговорка foreach не похоже на то, что мне нужно. Любые идеи парней?

Предложение FOREACH используется для обновления данных в коллекции, будь то компонентов пути или результата агрегирования.

Коллекции и пути являются ключевыми понятиями в Cypher. Чтобы использовать их для обновления данных , вы можете использовать конструкцию FOREACH. Он позволяет делать команды для элементов в коллекции - путь или набор , созданный путем агрегации.

START 
    inputko=node:koid('ko:\"ko:K00001\"') 
MATCH 
    (inputko)--(c1:contigs) 
WITH 
    count(c1) as KO1count, inputko 
MATCH 
    (inputko)-->(:cpd)-->(ko2:ko)-->(:cpd)-->(ko3:ko) 
WITH 
    inputko.ko as KO1, 
    KO1count, 
    ko2, 
    ko3 
MATCH 
    (ko2)--(c2:contigs) 
WITH 
    KO1, 
    KO1count, 
    ko2.ko as KO2, 
    count(c2) as KO2count, 
    ko3 
MATCH 
    (ko3)--(c3:contigs) 
RETURN 
    KO1, 
    KO1count, 
    KO2, 
    KO2count, 
    ko3.ko  AS KO3, 
    count(c3) AS KO3count 
LIMIT 
    5; 

понял, что я должен поместить в отличие для count(distinct cX), чтобы получить точный подсчет. Не знаю почему.

Answer 1

Я не знаю, как элегантный это, но я думаю, что это даст вам некоторое представление о том, как вы могли бы расширить запрос для n kò узлов в пути и по-прежнему возвращать данные, как вы положили его ниже. Он также должен продемонстрировать силу объединения директивы и коллекций with.

// match the ko/cpd node paths starting with K00001 
match p=(ko1:ko {name:'K00001' })-->(:cpd)-->(ko2:ko)-->(:cpd)-->(ko3:ko) 

// remove the cpd nodes from each path and name the collection row 
with collect([n in nodes(p) where labels(n)[0] = 'ko' | n]) as row 

// create a range for the number of rows and number of ko nodes per row 
with row 
, range(0, length(row)-1, 1) as idx 
, range(0, 2, 1) as idx2 

// iterate over each row and node in the order it was collected 
unwind idx as i 
unwind idx2 as j 
with i, j, row[i][j] as ko_n 

// find all of the contigs nodes atttached to each ko node 
match ko_n--(:contigs) 

// group the ko node data together in a collection preserving the order and the count 
with i, [j, ko_n.name, count(*)] as ko_set 
order by i, ko_set[0] 

// re-collect the ko node sets as ko rows 
with i, collect(ko_set) as ko_row 
order by i 

//return the original paths in the ko node order with the counts 
return reduce(ko_str = "", ko in ko_row | 
    case 
    when ko_str = "" then ko_str + ko[1] + ", " + ko[2] 
    else ko_str + ", " + ko[1] + ", " + ko[2] 
    end) as `KO-Contigs Counts` 

foreach директива шифром строго для мутирует данных. Например, вы можете использовать один запрос для сбора счетчиков contigs на узел ko.

Это немного запутанный, и вы никогда не будете обновлять количество contigs на ko узле, как это, но он иллюстрирует использование foreach в шифре.

match (ko:ko)-->(:contigs) 
with ko,count(*) as ct 
with collect(ko) as ko_nodes, collect(ct) as ko_counts 
with ko_nodes, ko_counts, range(0,length(ko_nodes)-1, 1) as idx 
foreach (i in idx | 
     set (ko_nodes[i]).num_contigs = ko_counts[i] ) 

Более простой способ для выполнения поставленной задачи обновления на каждом узле ko будет делать что-то вроде этого ...

match (ko:ko)-->(:contigs) 
with ko, count(*) as ct 
set ko.num_contigs = ct 

Если вы должны были нести дэ число контигов на каждом узле ко-то вы могли бы выполнить запрос, как это, чтобы возвратить число

// match all the paths starting with K00001 
match p=(ko1:ko {name:'K00001' })-->(:cpd)-->(ko2:ko)-->(:cpd)-->(ko3:ko) 
// build a csv line per path 
return reduce(ko_str = "", ko in nodes(p) | ko_str + 
    // using just the ko nodes in the path 
    // exclude the cpd nodes 
    case 
     when labels(ko)[0] = "ko" then ko.name + ", " + toString(ko.num_contigs) + ", " 
     else "" 
    end 
) as `KO-Contigs Counts`